Diagnostic et suivi des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) par séquençage haut-débit (HTS)
Résumé
Le diagnostic moléculaire des LAL permet, par la recherche de réarrangements V (D) J sur l’ADN des lymphoblastes, de mettre en évidence des marqueurs de clonalité dans 95% des cas. Ces marqueurs servent aussi à quantifier la maladie résiduelle par Q-PCR en temps réel (chimie Taqman) afin d’adapter au mieux la thérapeutique. Cette stratégie peut échouer dans les cas suivants : absence de marqueur initial, échec du séquençage ou enfin émergence à la rechute d’un clone non observé au diagnostic ou très minoritaire. Le HTS autorise désormais le séquençage profond d'une population lymphoïde et permet de contourner ces écueils. Ce travail explore l'utilisation de cette technologie pour le diagnostic et le suivi des LAL.
La clonalité de 8 patients pédiatriques (5 LAL-B et 3 LAL-T, 2F/6M, 2 à 14 ans), au diagnostic et en suivi (37 points) a été étudiée . La sensibilité a été évaluée par une gamme de dilution d’ADN tumoral en ADN de PBL (de 10-2 à 10-5). Pour chaque échantillon, 500ng d’ADN médullaire sont extraits sur colonne Qiagen®, dosés sur NanoDrop® et amplifiés par les systèmes de PCR classiques, non fluorescents pour la cible TCRg et les IgH, systèmes décrits ou dérivés des travaux du Biomed-2. Les librairies de séquençages sont réalisées à partir des produits de PCR vérifiés sur gel d’agarose puis barre-codées et séquencées avec un séquenceur Ion Torrent (puce 318).
Les séquences obtenues sont classées sur la base de leur réarrangement V (D) J par le logiciel Vidjil dédié (http : //bioinfo.lifl.fr/vidjil). Nous avons identifié les clones et leurs proportions respectives au diagnostic, et étudié leur évolution aux différents points de suivi. Nous avons retrouvé les clones détectés par les méthodes classiques mais aussi mis en évidence des clones minoritaires. Les rechutes ont été retrouvées, et, pour un patient, un clone émergent a été observé. L'ensemble de l'analyse validée, incluant la préparation, le séquençage et l'analyse informatique, semble plus rapide que par les protocoles actuels.
Par la reconstruction de répertoires lymphoïdes, le HTS préfigure des avancées dans la connaissance des pathologies lymphomateuses et auto-immunes. Notre objectif est d’intégrer cette technologie dans le processus moléculaire de diagnostic et de suivi des LAL, ce qui pose aussi des défis de formation à l’analyse et l’interprétation des résultats et de praticité au sein d'un laboratoire d'hématologie. Le séquençage haut-débit, couplé à une analyse bioinformatique, donne une cartographie plus complète de la population blastique au diagnostic d’une LAL et permet d'observer l’évolution de cette population.