Predicting isoform transcripts: What does the comparison of known transcripts in human, mouse and dog tell us?

Nicolas Guillaudeux; Catherine Belleannée; Samuel Blanquart; Jean-Stéphane Varré

doi:10.7490/f1000research.1117311.1

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Predicting isoform transcripts: What does the comparison of known transcripts in human, mouse and dog tell us?

Nicolas Guillaudeux ^{1, 2} Catherine Belleannée ¹ Samuel Blanquart ¹ Jean-Stéphane Varré ^{3, 4}

1 Dyliss - Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences

Inria Rennes – Bretagne Atlantique , IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE

2 UR1 - Université de Rennes 1

3 LIFL - Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille

4 BONSAI - Bioinformatics and Sequence Analysis

Université de Lille, Sciences et Technologies, Inria Lille - Nord Europe, CRIStAL - Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189, CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique

Nicolas Guillaudeux ^{1, 2} AuthorId : 11215031
Auteur IdHAL : nicolas-guillaudeux ORCID : https://orcid.org/0000-0002-4381-2960

Catherine Belleannée ¹ AuthorId : 709459
Auteur Etablissement employeur : Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique

Samuel Blanquart ¹ AuthorId : 11555837
Auteur Etablissement employeur : Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique IdHAL : samuel-blanquart ORCID : https://orcid.org/0000-0002-1408-3068

Jean-Stéphane Varré ^{3, 4} AuthorId : 452197
Auteur Etablissement employeur : Université de Lille, Sciences et Technologies IdHAL : jeanstephanevarre

1 Dyliss - Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences (Campus de Beaulieu 35042 Rennes cedex - France) StructId : 491479

Inria Rennes – Bretagne Atlantique (Campus de beaulieu 35042 Rennes cedex - France) StructId : 419153
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (France) StructId : 491231
- IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (Avenue du général Leclerc Campus de Beaulieu 35042 RENNES CEDEX - France) StructId : 490899
  - IMT Atlantique - IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (Campus Brest : Technopôle Brest-Iroise CS 8381829238 BREST Cedex 3 - Campus Nantes : 4, rue Alfred Kastler- La chantrerie 44300 NANTES - Campus Rennes : 2 Rue de la Châtaigneraie, 35510 CESSON SEVIGNE - France) StructId : 481355
    - IMT - Institut Mines-Télécom [Paris] (37-39 Rue Dareau, 75014 Paris - France) StructId : 302102
  - CentraleSupélec (3, rue Joliot Curie, Plateau de Moulon, 91192 GIF-SUR-YVETTE Cedex - France) StructId : 411575
  - UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France) StructId : 105160
    - UNIV-RENNES - Université de Rennes (France) StructId : 528860
  - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6074 (France) StructId : 441569
  - ENS Rennes - École normale supérieure - Rennes (Campus de Ker Lann - avenue Robert Schuman - 35170 Bruz - France) StructId : 247362
  - Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
  - INSA Rennes - Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (20, avenue des Buttes de Coësmes - CS 70839 - 35708 Rennes cedex 7 - France) StructId : 117606
    - INSA - Institut National des Sciences Appliquées (France) StructId : 301232
    - UNIV-RENNES - Université de Rennes (France) StructId : 528860
  - UBS - Université de Bretagne Sud (BP 92116 - 56321 Lorient cedex - France) StructId : 172265

2 UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France) StructId : 105160

UNIV-RENNES - Université de Rennes (France) StructId : 528860

3 LIFL - Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille (Bâtiment M3 59655 Villeneuve d'Ascq Cédex - France) StructId : 2546

Université de Lille, Sciences et Technologies (Cité Scientifique - 59655 Villeneuve d'Ascq Cedex - France) StructId : 92973
Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales (Domaine universitaire du "Pont de Bois" Rue du Barreau BP 60149 59653 Villeneuve d'Ascq Cedex - France) StructId : 301700
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR8022 (France) StructId : 441569

4 BONSAI - Bioinformatics and Sequence Analysis (France) StructId : 432028

Université de Lille, Sciences et Technologies (Cité Scientifique - 59655 Villeneuve d'Ascq Cedex - France) StructId : 92973
Inria Lille - Nord Europe (Parc Scientifique de la Haute Borne 40, avenue Halley Bât.A, Park Plaza 59650 Villeneuve d'Ascq - France) StructId : 104752
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
CRIStAL - Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 (Université de Lille - Campus Cité Scientifique - Bâtiment M3 - 59655 Villeneuve d'Ascq Cedex - FRANCE - France) StructId : 410272
- Centrale Lille : UMR9189 (École Centrale de Lille - Cité Scientifique - CS 20048 59651 Villeneuve d'Ascq Cedex - France) StructId : 120930
- Université de Lille : UMR9189 (Lille - France) StructId : 374570
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR9189 (France) StructId : 441569
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique (France) StructId : 441569

Keywords : comparative genomics multi-species bioinformatics transcriptome prediction exon alternative splicing

Type de document :

Poster

Domaine :

Informatique [cs]

Sciences du Vivant [q-bio] / Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]

Liste complète des métadonnées

https://hal.inria.fr/hal-02267357
Contributeur : Nicolas Guillaudeux Connectez-vous pour contacter le contributeur
Soumis le : lundi 19 août 2019 - 11:14:24
Dernière modification le : lundi 4 avril 2022 - 09:28:26
Archivage à long terme le : : jeudi 9 janvier 2020 - 23:21:19

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DOI : 10.7490/f1000research.1117311.1

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Nicolas Guillaudeux, Catherine Belleannée, Samuel Blanquart, Jean-Stéphane Varré. Predicting isoform transcripts: What does the comparison of known transcripts in human, mouse and dog tell us?. JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. 8, pp.1, 2019, ⟨10.7490/f1000research.1117311.1⟩. ⟨hal-02267357⟩

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