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hal-01083841v1  Communication dans un congrès
Amandine PerrinJean-Stéphane VarréSamuel BlanquartAïda Ouangraoua. ProCARs: Progressive Reconstruction of Ancestral Gene Orders
ISCB-Latin America, Oct 2014, Belo Horizonte, Brazil
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hal-01090611v1  Article dans une revue
Ammar AbdoValérie LeclèrePhilippe JacquesNaomie SalimMaude Pupin. Prediction of New Bioactive Molecules using a Bayesian Belief Network
Journal of Chemical Information and Modeling, American Chemical Society, 2014, 54 (1), pp.30-36. ⟨10.1021/ci4004909⟩
hal-01100152v1  Communication dans un congrès
Nathalie GrardelMikaël SalsonAurélie CaillaultMarc DuezCéline Villenet et al.  Diagnostic et suivi des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) par séquençage haut-débit (HTS)
Congrès de la Société Française d'Hématologie (SFH), 2014, Paris, France
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inria-00623390v1  Communication dans un congrès
Mathieu GiraudStéphane JanotJean-Frédéric BerthelotCharles DeltelLaetitia Jourdan et al.  Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics
Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria
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hal-00823594v1  Article dans une revue
Arnaud FontaineAntoine de MonteHélène Touzet. MAGNOLIA: multiple alignment of protein-coding and structural RNA sequences.
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2008, 36 (Web Server issue), pp.W14-8. ⟨10.1093/nar/gkn321⟩
hal-00823601v1  Article dans une revue
Arnaud FontaineHélène Touzet. Computational identification of protein-coding sequences by comparative analysis
International Journal of Data Mining and Bioinformatics, Inderscience, 2009, 3 (2), pp.160-76. ⟨10.1504/ijdmb.2009.024849⟩
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hal-01396410v1  Article dans une revue
Samuel BlanquartJean-Stéphane VarréPaul GuertinAmandine PerrinAnne Bergeron et al.  Assisted transcriptome reconstruction and splicing orthology
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, Proceedings of the 14th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Comparative Genomics Satellite Workshop: genomics, 17 (Suppl 10), pp.786. ⟨10.1186/s12864-016-3103-6⟩
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hal-02435116v1  Communication dans un congrès
Pierre MorisseCamille MarchetAntoine LimassetThierry LecroqArnaud Lefebvre. CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment
Recomb-Seq 2019 - 9th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, May 2019, Washinton, United States. pp.1-9, ⟨10.1101/546630⟩
hal-01395704v1  Article dans une revue
Rayan ChikhiAntoine LimassetPaul Medvedev. Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (12), pp.i201 - i208. ⟨10.1093/bioinformatics/btw279⟩
hal-03443183v1  Article dans une revue
Antoine LimassetCamille MarchetMael Kerbiriou. BLight: efficient exact associative structure for k-mers
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2021, 37 (18), pp.2858-2865. ⟨10.1093/bioinformatics/btab217⟩
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hal-00924047v1  Article dans une revue
Bernd ReisingerJosef SperlAlexandra HolinskiVeronika SchmidChitra Rajendran et al.  Evidence for the Existence of Elaborate Enzyme Complexes in the Paleoarchean Era
Journal of the American Chemical Society, American Chemical Society, 2014, pp.122-9. ⟨10.1021/ja4115677⟩
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hal-00749019v1  Communication dans un congrès
Antoine ThomasAïda OuangraouaJean-Stéphane Varré. Tandem Halving Problems by DCJ
Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. pp.417-429, ⟨10.1007/978-3-642-33122-0_33⟩
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hal-00749026v1  Communication dans un congrès
Antoine ThomasAïda OuangraouaJean-Stéphane Varré. Genome Halving by Block Interchange
BIOINFORMATICS, Feb 2012, Lisboa, Portugal. pp.58-65
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hal-00750002v1  Article dans une revue
Ammar Hasan AbdoSégolène CabocheValérie LeclèrePhilippe JacquesMaude Pupin. A new fingerprint to predict nonribosomal peptides activity.
Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2012, 26 (10), pp.1187-94. ⟨10.1007/s10822-012-9608-4⟩
hal-01398960v1  Chapitre d'ouvrage
Valérie LeclèreTilmann WeberPhilippe JacquesMaude Pupin. Bioinformatics Tools for the Discovery of New Nonribosomal Peptides
Bradley S. Evans. Nonribosomal Peptide and Polyketide Biosynthesis, 1401, Humana Press, pp.209-232, 2016, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3373-0 978-1-4939-3375-4. ⟨10.1007/978-1-4939-3375-4_14⟩
hal-01153893v1  Communication dans un congrès
Tuan Tu TranMathieu GiraudJean-Stéphane Varré. Perfect Hashing Structures for Parallel Similarity Searches
International Workshop on High Performance Computational Biology (HiCOMB 2015) / International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS 2015), 2015, Hyderabad, India. pp.332-341, ⟨10.1109/IPDPSW.2015.105⟩
hal-01228138v1  Proceedings/Recueil des communications
Hélène Touzet. Algorithms for bioinformatics
Mihai Pop; Hélène Touzet. WABI, Sep 2015, Atlanta, United States. 9289, Springer Verlag, 2015, 15th International Workshop, WABI 2015, Atlanta, GA, USA, September 10-12, 2015, Proceedings, ⟨10.1007/978-3-662-48221-6⟩
hal-01935562v1  Communication dans un congrès
Rayan ChikhiVladan JovičićStefan KratschPaul MedvedevMartin Milanic et al.  Bipartite Graphs of Small Readability
COCOON 2018 - The 24th International Computing and Combinatorics Conference, Jul 2018, Qingdao, China
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tel-00823447v1  Thèse
Ségolène Caboche. Mise en place d'une plate-forme logicielle pour l'analyse des peptides non-ribosomiaux
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français
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tel-01067114v1  Thèse
Antoine Thomas. Rearrangement problems with duplicated genomic markers
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2014. English
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hal-00843827v1  Communication dans un congrès
Yoann DufresneValérie LeclèrePhilippe JacquesLaurent NoéMaude Pupin. Non Ribosomal Peptides : A monomeric puzzle
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. pp.143-150
inria-00635003v1  Article dans une revue
Antoine ThomasJean-Stéphane VarréOuangraoua Aïda. Genome Dedoubling by DCJ and Reversal
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2011, 12 (Supplement 9), ⟨10.1186/1471-2105-12-S9-S20⟩
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tel-02441360v1  Thèse
Pierre Marijon. Novel components at the periphery of long read genome assembly tools
Computer Science [cs]. University of Lille, 2019. English. ⟨NNT : ⟩
hal-03461046v1  Article dans une revue
Maude PupinAmmar Abdo. LINGO-DL: a text-based approach for molecular similarity searching
Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2021, 35 (5), pp.657-665. ⟨10.1007/s10822-021-00383-9⟩
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tel-01758361v1  Thèse
Tatiana Rocher. Compression et indexation de séquences annotées
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lille, 2018. Français. ⟨NNT : ⟩
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hal-01552490v1  Communication dans un congrès
Tatiana RocherMaude PupinPhilippe MarquetYann Secq. How to make teenage girls love coding ?
womENcourage2017 - 4th ACM Europe Celebration of Women in Computing, ACM, Sep 2017, Barcelona, Spain
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tel-01576433v1  Thèse
Christophe Vroland. Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Lille 1 Sciences et technologies, 2016. Français. ⟨NNT : ⟩
hal-02417587v1  Article dans une revue
Mickael ChevalierEmma RicartEmeline HanozinMaude PupinPhilippe Jacques et al.  Kendrick Mass Defect Approach Combined to NORINE Database for Molecular Formula Assignment of Nonribosomal Peptides
Journal of The American Society for Mass Spectrometry, American Chemical Society 2019, 30 (12), pp.2608-2616. ⟨10.1007/s13361-019-02314-3⟩
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hal-01889117v1  Poster de conférence
Yoann DufresneJuraj MichalikAreski FlissiValérie LeclèreMaude Pupin. Data updates on Norine, the reference Non-Ribosomal Peptide knowledge base
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
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hal-03721522v1  Poster de conférence
Julie BaltenneckBen MoussaLoïc CoudercAreski FlissiJacques Pédron et al.  Tn-phyto: essential genomes of nine bacterial phytopathogens
4. International Ewinia workshop (IEW), Jul 2022, Assise, Italy
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hal-01574824v1  Poster de conférence
Pierre MarijonJean-Stéphane VarréRayan Chikhi. Debugging long-read genome and metagenome assemblies using string graph analysis
JOBIM 2017- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France.
hal-01237045v1  Article dans une revue
Donald E. K. MartinLaurent Noé. Faster exact distributions of pattern statistics through sequential elimination of states
Annals of the Institute of Statistical Mathematics, Springer Verlag, 2017, 69 (1), pp.231--248. ⟨10.1007/s10463-015-0540-y⟩
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hal-01566246v1  Communication dans un congrès
Antoine LimassetGuillaume RizkRayan ChikhiPierre Peterlongo. Fast and scalable minimal perfect hashing for massive key sets
16th International Symposium on Experimental Algorithms, Jun 2017, London, United Kingdom. pp.1 - 11
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hal-01500115v1  Communication dans un congrès
Juraj MichálikHélène TouzetYann Ponty. Efficient approximations of RNA kinetics landscape using non-redundant sampling
ISMB/ECCB - 25th Annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology/16th European Conference on Computational Biology - 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. pp.i283 - i292, ⟨10.1093/bioinformatics/btx269⟩
hal-03368750v1  Ouvrages
Thierry LecroqHélène Touzet. String Processing and Information Retrieval
Springer International Publishing, 12944, 2021, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-030-86692-1⟩
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hal-01576319v1  Communication dans un congrès
Tatiana RocherMathieu GiraudMikael Salson. Indexer un ensemble de séquences ADN annotées
JOBIM, Jun 2016, Lyon, France
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hal-01743104v1  Article dans une revue
Tatiana RocherMathieu GiraudMikaël Salson. Indexing labeled sequences
PeerJ Computer Science, PeerJ, 2018, 4, pp.1-14. ⟨10.7717/peerj-cs.148⟩
hal-01516289v1  Article dans une revue
Anton W LangerakMonika BrüggemannFrédéric DaviNikos DarzentasJacques J M van Dongen et al.  High-Throughput Immunogenetics for Clinical and Research Applications in Immunohematology: Potential and Challenges.
Journal of Immunology, Publisher : Baltimore : Williams & Wilkins, c1950-. Latest Publisher : Bethesda, MD : American Association of Immunologists, 2017, pp.1602050. ⟨10.4049/jimmunol.1602050⟩
hal-00763792v1  Communication dans un congrès
Evguenia KopylovaLaurent NoéHelene Touzet. SortMeRNA: a new software to filter total RNA for metatranscriptomic or RNA analysis
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - 2012, Jul 2012, Rennes, France
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hal-00756249v1  Article dans une revue
Azadeh SaffarianMathieu GiraudAntoine de MonteHélène Touzet. RNA Locally Optimal Secondary Structures
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2012, 19 (10), pp.1120-1133. ⟨10.1089/cmb.2010.0178⟩
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tel-00832725v1  Thèse
Aude Liefooghe. Matrices score-position, algorithmes et propriétés
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2008. Français
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tel-00832685v1  HDR
Jean-Stéphane Varré. Algorithmes pour la comparaison de génomes et la recherche de signaux cis-régulateurs
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2008
inria-00609791v1  Communication dans un congrès
Anna GambinSlawomir LasotaMichal StartekMaciej SykulskiLaurent Noé et al.  Subset seed extension to Protein BLAST
Bioinformatics 2011 - International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Jan 2011, Rome, Italy. pp.149-158, ⟨10.5220/0003147601490158⟩
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inria-00448741v1  Communication dans un congrès
Marta L. GîrdeaLaurent NoéGregory Kucherov. Back-translation for discovering distant protein homologies
the 9th International Workshop in Algorithms in Bioinformatics (WABI), Sep 2009, Philadelphia, United States. pp.108-120, ⟨10.1007/978-3-642-04241-6_10⟩
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tel-00919185v2  Thèse
Evguenia Kopylova. New algorithmic and bioinformatic approaches for the analysis of data from high throughput sequencing
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2013. English
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tel-01575747v2  Thèse
Léa Siegwald. Solutions d'amélioration des études de métagénomique ciblée
Médecine humaine et pathologie. Université du Droit et de la Santé - Lille II, 2017. Français. ⟨NNT : 2017LIL2S006⟩
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hal-01729749v1  Article dans une revue
Rayan ChikhiPaul MedvedevMartin MilaničSofya Raskhodnikova. On the readability of overlap digraphs
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2016, 205, pp.35-44. ⟨10.1016/j.dam.2015.12.009⟩
hal-01574692v1  Chapitre d'ouvrage
Iovka BonevaHéléne Touzet. Traitement des données - introduction
Les Big Data à découvert, 2016
hal-00823465v1  Article dans une revue
Tonon LaurieHélène TouzetJean-Stéphane Varré. TFM-Explorer: mining cis-regulatory regions in genomes
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2010, 38 (S2), pp.W286-W292. ⟨10.1093/nar/gkq473⟩
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hal-00857801v1  Communication dans un congrès
Robert GiegerichHélène Touzet. Algebraic Dynamic Programming 2.0
Workshop Haskell-Treffen an der Universität Leipzig, Jun 2013, Leipzig, Germany
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hal-01084319v1  Communication dans un congrès
Azadeh SaffarianMathieu GiraudHélène Touzet. Searching for alternate RNA structures in genomic sequences
Computational Methods for Structural RNAs, CMSR'14, Sep 2014, Strasbourg, France. pp.13-24, ⟨10.15455/CMSR.2014.0002⟩
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hal-02371117v1  Article dans une revue
Camille MarchetPierre MorisseLolita LecompteArnaud LefebvreThierry Lecroq et al.  ELECTOR : evaluator for long reads correction methods
NAR Genomics and Bioinformatics, Oxford University Press, 2020, 2 (1), pp.1-12. ⟨10.1093/nargab/lqz015⟩