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hal-01575755v1  Article dans une revue
Léa Siegwald, Hélène Touzet, Yves Lemoine, David Hot, Christophe Audebert et al.  Assessment of Common and Emerging Bioinformatics Pipelines for Targeted Metagenomics
PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, 12 (1), pp.e0169563. ⟨10.1371/journal.pone.0169563⟩
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hal-01083841v1  Communication dans un congrès
Amandine Perrin, Jean-Stéphane Varré, Samuel Blanquart, Aïda Ouangraoua. ProCARs: Progressive Reconstruction of Ancestral Gene Orders
ISCB-Latin America, Oct 2014, Belo Horizonte, Brazil
hal-00823601v1  Article dans une revue
Arnaud Fontaine, Hélène Touzet. Computational identification of protein-coding sequences by comparative analysis
International Journal of Data Mining and Bioinformatics, Inderscience, 2009, 3 (2), pp.160-76. ⟨10.1504/ijdmb.2009.024849⟩
hal-03443183v1  Article dans une revue
Antoine Limasset, Camille Marchet, Mael Kerbiriou. BLight: efficient exact associative structure for k-mers
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2021, 37 (18), pp.2858-2865. ⟨10.1093/bioinformatics/btab217⟩
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hal-02394395v1  Article dans une revue
Leandro Lima, Camille Marchet, Ségolène Caboche, Corinne da Silva, Benjamin Istace et al.  Comparative assessment of long-read error correction software applied to Nanopore RNA-sequencing data
Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, pp.1-18. ⟨10.1093/bib/bbz058⟩
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inria-00623390v1  Communication dans un congrès
Mathieu Giraud, Stéphane Janot, Jean-Frédéric Berthelot, Charles Deltel, Laetitia Jourdan et al.  Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics
Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria
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hal-01279160v1  Article dans une revue
Yann Ferret, Aurélie Caillault, Shéhérazade Sebda, Marc Duez, Nathalie Grardel et al.  Multi-loci diagnosis of acute lymphoblastic leukaemia with high-throughput sequencing and bioinformatics analysis
British Journal of Haematology, Wiley, 2016, 173 (3), pp.413-420. ⟨10.1111/bjh.13981⟩
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hal-00823594v1  Article dans une revue
Arnaud Fontaine, Antoine de Monte, Hélène Touzet. MAGNOLIA: multiple alignment of protein-coding and structural RNA sequences.
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2008, 36 (Web Server issue), pp.W14-8. ⟨10.1093/nar/gkn321⟩
hal-01100152v1  Communication dans un congrès
Nathalie Grardel, Mikaël Salson, Aurélie Caillault, Marc Duez, Céline Villenet et al.  Diagnostic et suivi des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) par séquençage haut-débit (HTS)
Congrès de la Société Française d'Hématologie (SFH), 2014, Paris, France
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hal-01083204v1  Article dans une revue
Laurent Noé, Donald E. K. Martin. A Coverage Criterion for Spaced Seeds and Its Applications to Support Vector Machine String Kernels and $k$-Mer Distances
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2014, 21 (12), pp.28. ⟨10.1089/cmb.2014.0173⟩
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hal-03107529v2  Article dans une revue
Asma S. Khelifa, Cecilia Guillen Sanchez, Kevin M. Lesage, Ludovic Huot, Thomas Mouveaux et al.  TgAP2IX-5 is a key transcriptional regulator of the asexual cell cycle division in Toxoplasma gondii
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2021, 12, pp.116. ⟨10.1038/s41467-020-20216-x⟩
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hal-01090611v1  Article dans une revue
Ammar Abdo, Valérie Leclère, Philippe Jacques, Naomie Salim, Maude Pupin. Prediction of New Bioactive Molecules using a Bayesian Belief Network
Journal of Chemical Information and Modeling, American Chemical Society, 2014, 54 (1), pp.30-36. ⟨10.1021/ci4004909⟩
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hal-01646297v1  Article dans une revue
Pierre Pericard, Yoann Dufresne, Loïc Couderc, Samuel Blanquart, Hélène Touzet. MATAM: reconstruction of phylogenetic marker genes from short sequencing reads in metagenomes
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, ⟨10.1093/bioinformatics/btx644⟩
hal-01395704v1  Article dans une revue
Rayan Chikhi, Antoine Limasset, Paul Medvedev. Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (12), pp.i201 - i208. ⟨10.1093/bioinformatics/btw279⟩
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hal-00804915v1  Rapport
Antoine Rousseau, Aurélie Darnaud, Brice Goglin, Céline Acharian, Christine Leininger et al.  Médiation Scientifique : une facette de nos métiers de la recherche
[Interne] Inria. 2013, pp.34
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hal-01396410v1  Article dans une revue
Samuel Blanquart, Jean-Stéphane Varré, Paul Guertin, Amandine Perrin, Anne Bergeron et al.  Assisted transcriptome reconstruction and splicing orthology
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, Proceedings of the 14th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Comparative Genomics Satellite Workshop: genomics, 17 (Suppl 10), pp.786. ⟨10.1186/s12864-016-3103-6⟩
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hal-01728770v1  Article dans une revue
Jérôme Audoux, Nicolas Philippe, Rayan Chikhi, Mikael Salson, Mélina Gallopin et al.  DE-kupl: exhaustive capture of biological variation in RNA-seq data through k-mer decomposition
Genome Biology, BioMed Central, 2017, 18 (1), pp.1-15. ⟨10.1186/s13059-017-1372-2⟩
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hal-02435116v1  Communication dans un congrès
Pierre Morisse, Camille Marchet, Antoine Limasset, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre. CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment
Recomb-Seq 2019 - 9th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, May 2019, Washinton, United States. pp.1-9, ⟨10.1101/546630⟩
hal-00763792v1  Communication dans un congrès
Evguenia Kopylova, Laurent Noé, Helene Touzet. SortMeRNA: a new software to filter total RNA for metatranscriptomic or RNA analysis
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - 2012, Jul 2012, Rennes, France
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tel-00919185v2  Thèse
Evguenia Kopylova. New algorithmic and bioinformatic approaches for the analysis of data from high throughput sequencing
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2013. English
hal-03368750v1  Ouvrage (y compris édition critique et traduction)
Thierry Lecroq, Hélène Touzet. String Processing and Information Retrieval
Springer International Publishing, 12944, 2021, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-030-86692-1⟩
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hal-01500115v1  Communication dans un congrès
Juraj Michálik, Hélène Touzet, Yann Ponty. Efficient approximations of RNA kinetics landscape using non-redundant sampling
ISMB/ECCB - 25th Annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology/16th European Conference on Computational Biology - 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. pp.i283 - i292, ⟨10.1093/bioinformatics/btx269⟩
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hal-01250619v1  Article dans une revue
Yoann Dufresne, Laurent Noé, Valérie Leclère, Maude Pupin. Smiles2Monomers: a link between chemical and biological structures for polymers
Journal of Cheminformatics, Chemistry Central Ltd. and BioMed Central, 2015, 7, ⟨10.1186/s13321-015-0111-5⟩
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hal-01935559v1  Article dans une revue
Alan Kuhnle, Victoria G. Crawford, Christina Boucher, Rayan Chikhi, Travis Gagie. Practical dynamic de Bruijn graphs
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2018, ⟨10.1093/bioinformatics/bty500⟩
inria-00609791v1  Communication dans un congrès
Anna Gambin, Slawomir Lasota, Michal Startek, Maciej Sykulski, Laurent Noé et al.  Subset seed extension to Protein BLAST
Bioinformatics 2011 - International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Jan 2011, Rome, Italy. pp.149-158, ⟨10.5220/0003147601490158⟩
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hal-01576319v1  Communication dans un congrès
Tatiana Rocher, Mathieu Giraud, Mikael Salson. Indexer un ensemble de séquences ADN annotées
JOBIM, Jun 2016, Lyon, France