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hal-01090611v1  Article dans une revue
Ammar AbdoValérie LeclèrePhilippe JacquesNaomie SalimMaude Pupin. Prediction of New Bioactive Molecules using a Bayesian Belief Network
Journal of Chemical Information and Modeling, American Chemical Society, 2014, 54 (1), pp.30-36. ⟨10.1021/ci4004909⟩
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hal-00750002v1  Article dans une revue
Ammar Hasan AbdoSégolène CabocheValérie LeclèrePhilippe JacquesMaude Pupin. A new fingerprint to predict nonribosomal peptides activity.
Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2012, 26 (10), pp.1187-94. ⟨10.1007/s10822-012-9608-4⟩
hal-03081813v1  Article dans une revue
Ammar AbdoEissa GhalebNaser AlajmiMaude Pupin. Monomer structure fingerprints: an extension of the monomer composition version for peptide databases
Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2020, 34 (11), pp.1147-1156. ⟨10.1007/s10822-020-00336-8⟩
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hal-03721522v1  Poster de conférence
Julie BaltenneckBen MoussaLoïc CoudercAreski FlissiJacques Pédron et al.  Tn-phyto: essential genomes of nine bacterial phytopathogens
4. International Ewinia workshop (IEW), Jul 2022, Assise, Italy
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hal-01396410v1  Article dans une revue
Samuel BlanquartJean-Stéphane VarréPaul GuertinAmandine PerrinAnne Bergeron et al.  Assisted transcriptome reconstruction and splicing orthology
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, Proceedings of the 14th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Comparative Genomics Satellite Workshop: genomics, 17 (Suppl 10), pp.786. ⟨10.1186/s12864-016-3103-6⟩
hal-01574692v1  Chapitre d'ouvrage
Iovka BonevaHéléne Touzet. Traitement des données - introduction
Les Big Data à découvert, 2016
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tel-00823447v1  Thèse
Ségolène Caboche. Mise en place d'une plate-forme logicielle pour l'analyse des peptides non-ribosomiaux
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français
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inria-00281012v1  Article dans une revue
Ségolène CabocheMaude PupinValérie LeclèreArnaud FontainePhilippe Jacques et al.  NORINE: a database of nonribosomal peptides.
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2008, Database issue, 36 (Database issue), pp.D326-31. ⟨10.1093/nar/gkm792⟩
hal-02417587v1  Article dans une revue
Mickael ChevalierEmma RicartEmeline HanozinMaude PupinPhilippe Jacques et al.  Kendrick Mass Defect Approach Combined to NORINE Database for Molecular Formula Assignment of Nonribosomal Peptides
Journal of The American Society for Mass Spectrometry, American Chemical Society 2019, 30 (12), pp.2608-2616. ⟨10.1007/s13361-019-02314-3⟩
hal-01395704v1  Article dans une revue
Rayan ChikhiAntoine LimassetPaul Medvedev. Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (12), pp.i201 - i208. ⟨10.1093/bioinformatics/btw279⟩
hal-01935562v1  Communication dans un congrès
Rayan ChikhiVladan JovičićStefan KratschPaul MedvedevMartin Milanic et al.  Bipartite Graphs of Small Readability
COCOON 2018 - The 24th International Computing and Combinatorics Conference, Jul 2018, Qingdao, China
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hal-01729749v1  Article dans une revue
Rayan ChikhiPaul MedvedevMartin MilaničSofya Raskhodnikova. On the readability of overlap digraphs
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2016, 205, pp.35-44. ⟨10.1016/j.dam.2015.12.009⟩
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hal-03827389v1  Poster de conférence
Loïc CoudercErwan GueguenMaxime BruninAreski FlissiGuillemette Marot et al.  TnSeek : analysing Tn-seq data for multiple conditions and multiple species
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2022), Jul 2022, Rennes, France