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tel-01576433v1  Thèse
Christophe Vroland. Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Lille 1 Sciences et technologies, 2016. Français
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hal-01079840v1  Communication dans un congrès
Christophe VrolandMikaël SalsonHélène Touzet. Lossless seeds for searching short patterns with high error rates
International Workshop On Combinatorial Algorithms, Oct 2014, Duluth, United States
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tel-00832685v1  HDR
Jean-Stéphane Varré. Algorithmes pour la comparaison de génomes et la recherche de signaux cis-régulateurs
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2008
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hal-00563408v1  Chapitre d'ouvrage
Jean-Stéphane VarréBertil SchmidtStéphane JanotMathieu Giraud. Manycore high-performance computing in bioinformatics
Laura Elnitski, Helen Piontkivska, Lonnie R Welch. Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery, World Scientific, chapter 8, 2011
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lirmm-00407215v1  Communication dans un congrès
Raluca UricaruCélia MichoteyLaurent NoéHélène ChiapelloEric Rivals. Improved Sensitivity And Reliability Of Anchor Based Genome Alignment
JOBIM'09 : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2009, Nantes, France. pp.31-36
hal-01153893v1  Communication dans un congrès
Tuan Tu TranMathieu GiraudJean-Stéphane Varré. Perfect Hashing Structures for Parallel Similarity Searches
International Workshop on High Performance Computational Biology (HiCOMB 2015) / International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS 2015), 2015, Hyderabad, India. pp.332-341, ⟨10.1109/IPDPSW.2015.105⟩
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tel-00832663v1  Thèse
Tuan Tu Tran. Bioinformatics Sequence Comparisons on Manycore Processors
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2012. English
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inria-00637227v1  Communication dans un congrès
Tuan Tu TranMathieu GiraudJean-Stéphane Varré. Bit-Parallel Multiple Pattern Matching
Parallel Processing and Applied Mathematics / Parallel Biocomputing Conference (PPAM / PBC 11), 2011, Torun, Poland
hal-01228138v1  Direction d'ouvrage, Proceedings, Dossier
Hélène Touzet. Algorithms for bioinformatics
Mihai Pop; Hélène Touzet. WABI, Sep 2015, Atlanta, United States. Springer Verlag, 2015, 15th International Workshop, WABI 2015, Atlanta, GA, USA, September 10-12, 2015, Proceedings, ⟨10.1007/978-3-662-48221-6⟩
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hal-01360482v1  Communication dans un congrès
Hélène Touzet. On the Levenshtein Automaton and the Size of the Neighborhood of a Word
LATA 2016 - 10th International Conference on Language and Automata Theory and Applications, Mar 2016, Prague, Czech Republic. pp.207-218, ⟨10.1007/978-3-319-30000-9_16⟩
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hal-00749019v1  Communication dans un congrès
Antoine ThomasAïda OuangraouaJean-Stéphane Varré. Tandem Halving Problems by DCJ
Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. pp.417-429, ⟨10.1007/978-3-642-33122-0_33⟩
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hal-00749026v1  Communication dans un congrès
Antoine ThomasAïda OuangraouaJean-Stéphane Varré. Genome Halving by Block Interchange
BIOINFORMATICS, Feb 2012, Lisboa, Portugal. pp.58-65
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tel-01067114v1  Thèse
Antoine Thomas. Rearrangement problems with duplicated genomic markers
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2014. English
inria-00635003v1  Article dans une revue
Antoine ThomasJean-Stéphane VarréOuangraoua Aïda. Genome Dedoubling by DCJ and Reversal
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2011, 12 (Supplement 9), ⟨10.1186/1471-2105-12-S9-S20⟩
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hal-01575350v1  Communication dans un congrès
Chen SunRobert S. HarrisRayan ChikhiPaul Medvedev. AllSome Sequence Bloom Trees
RECOMB 2017 - 21st Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, May 2017, Hong Kong, China. ⟨10.1007/978-3-319-56970-3_17⟩
hal-00749016v1  Article dans une revue
Michal StartekSlawomir LasotaMaciej SykulskiAdam BulakLaurent Noé et al.  Efficient alternatives to PSI-BLAST
Bulletin of the Polish Academy of Sciences: Technical Sciences, Polish Academy of Sciences, 2012, 60 (3), pp.495-505. ⟨10.2478/v10175-012-0063-0⟩
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hal-03406292v1  Article dans une revue
Paul SimionJitendra NarayanAntoine HoutainAlessandro DerzelleLyam Baudry et al.  Chromosome-level genome assembly reveals homologous chromosomes and recombination in asexual rotifer Adineta vaga
Science Advances , American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2021, 7 (41), pp.eabg4216. ⟨10.1126/sciadv.abg4216⟩
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tel-01575747v2  Thèse
Léa Siegwald. Solutions d'amélioration des études de métagénomique ciblée
Médecine humaine et pathologie. Université du Droit et de la Santé - Lille II, 2017. Français. ⟨NNT : 2017LIL2S006⟩
hal-01396904v1  Article dans une revue
Kristoffer SahlinRayan ChikhiLars Arvestad. Assembly scaffolding with PE-contaminated mate-pair libraries
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (13), pp.1925 - 1932. ⟨10.1093/bioinformatics/btw064⟩
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hal-00756249v1  Article dans une revue
Azadeh SaffarianMathieu GiraudAntoine de MonteHélène Touzet. RNA Locally Optimal Secondary Structures
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2012, 19 (10), pp.1120-1133. ⟨10.1089/cmb.2010.0178⟩
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hal-01084319v1  Communication dans un congrès
Azadeh SaffarianMathieu GiraudHélène Touzet. Searching for alternate RNA structures in genomic sequences
Computational Methods for Structural RNAs, CMSR'14, Sep 2014, Strasbourg, France. pp.13-24, ⟨10.15455/CMSR.2014.0002⟩
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tel-00832700v1  Thèse
Azadeh Saffarian. Prediction and pattern matching algorithms for RNA multi-structures
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2011. English