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hal-01935568v1  Communication dans un congrès
Anna KuosmanenTopi PaavilainenTravis GagieRayan ChikhiAlexandru Ioan Tomescu et al.  Using Minimum Path Cover to Boost Dynamic Programming on DAGs: Co-Linear Chaining Extended
RECOMB 2018 - 22nd Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, Apr 2018, Paris, France
hal-01574692v1  Chapitre d'ouvrage
Iovka BonevaHéléne Touzet. Traitement des données - introduction
Les Big Data à découvert, 2016
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hal-03827389v1  Poster de conférence
Loïc CoudercErwan GueguenMaxime BruninAreski FlissiGuillemette Marot et al.  TnSeek : analysing Tn-seq data for multiple conditions and multiple species
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2022), Jul 2022, Rennes, France
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hal-03721522v1  Poster de conférence
Julie BaltenneckBen MoussaLoïc CoudercAreski FlissiJacques Pédron et al.  Tn-phyto: essential genomes of nine bacterial phytopathogens
4. International Ewinia workshop (IEW), Jul 2022, Assise, Italy
hal-00823465v1  Article dans une revue
Tonon LaurieHélène TouzetJean-Stéphane Varré. TFM-Explorer: mining cis-regulatory regions in genomes
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2010, 38 (S2), pp.W286-W292. ⟨10.1093/nar/gkq473⟩
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hal-00749019v1  Communication dans un congrès
Antoine ThomasAïda OuangraouaJean-Stéphane Varré. Tandem Halving Problems by DCJ
Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. pp.417-429, ⟨10.1007/978-3-642-33122-0_33⟩
inria-00609791v1  Communication dans un congrès
Anna GambinSlawomir LasotaMichal StartekMaciej SykulskiLaurent Noé et al.  Subset seed extension to Protein BLAST
Bioinformatics 2011 - International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Jan 2011, Rome, Italy. pp.149-158, ⟨10.5220/0003147601490158⟩
hal-03368750v1  Ouvrages
Thierry LecroqHélène Touzet. String Processing and Information Retrieval
Springer International Publishing, 12944, 2021, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-030-86692-1⟩
hal-00763792v1  Communication dans un congrès
Evguenia KopylovaLaurent NoéHelene Touzet. SortMeRNA: a new software to filter total RNA for metatranscriptomic or RNA analysis
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - 2012, Jul 2012, Rennes, France
hal-01094011v1  Communication dans un congrès
Evguenia KopylovaLaurent NoéPierre PericardMikaël SalsonHélène Touzet. SortMeRNA 2: ribosomal RNA classification for taxonomic assignation
Workshop on Recent Computational Advances in Metagenomics, ECCB 2014, Sep 2014, Strasbourg, France
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tel-01575747v2  Thèse
Léa Siegwald. Solutions d'amélioration des études de métagénomique ciblée
Médecine humaine et pathologie. Université du Droit et de la Santé - Lille II, 2017. Français. ⟨NNT : 2017LIL2S006⟩
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hal-01084319v1  Communication dans un congrès
Azadeh SaffarianMathieu GiraudHélène Touzet. Searching for alternate RNA structures in genomic sequences
Computational Methods for Structural RNAs, CMSR'14, Sep 2014, Strasbourg, France. pp.13-24, ⟨10.15455/CMSR.2014.0002⟩