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tel-00919185v2  Thèse
Evguenia Kopylova. New algorithmic and bioinformatic approaches for the analysis of data from high throughput sequencing
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2013. English
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hal-00756249v1  Article dans une revue
Azadeh Saffarian, Mathieu Giraud, Antoine de Monte, Hélène Touzet. RNA Locally Optimal Secondary Structures
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2012, 19 (10), pp.1120-1133. ⟨10.1089/cmb.2010.0178⟩
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tel-00832685v1  HDR
Jean-Stéphane Varré. Algorithmes pour la comparaison de génomes et la recherche de signaux cis-régulateurs
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2008
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inria-00636066v1  Article dans une revue
Martine Léonard, Laurent Mouchard, Mikaël Salson. On the number of elements to reorder when updating a suffix array
Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2012, 11, pp.87-99. ⟨10.1016/j.jda.2011.01.002⟩
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inria-00448741v1  Communication dans un congrès
Marta L. Gîrdea, Laurent Noé, Gregory Kucherov. Back-translation for discovering distant protein homologies
the 9th International Workshop in Algorithms in Bioinformatics (WABI), Sep 2009, Philadelphia, United States. pp.108-120, ⟨10.1007/978-3-642-04241-6_10⟩
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tel-00832725v1  Thèse
Aude Liefooghe. Matrices score-position, algorithmes et propriétés
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2008. Français
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hal-01576319v1  Communication dans un congrès
Tatiana Rocher, Mathieu Giraud, Mikael Salson. Indexer un ensemble de séquences ADN annotées
JOBIM, Jun 2016, Lyon, France
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tel-01738687v2  Thèse
Pierre Pericard. Algorithmes pour la reconstruction de séquences de marqueurs conservés dans des données de métagénomique
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lille, 2017. Français. ⟨NNT : 2017LIL10084⟩
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hal-01250619v1  Article dans une revue
Yoann Dufresne, Laurent Noé, Valérie Leclère, Maude Pupin. Smiles2Monomers: a link between chemical and biological structures for polymers
Journal of Cheminformatics, Chemistry Central Ltd. and BioMed Central, 2015, 7, ⟨10.1186/s13321-015-0111-5⟩
hal-03368750v1  Ouvrage (y compris édition critique et traduction)
Thierry Lecroq, Hélène Touzet. String Processing and Information Retrieval
Springer International Publishing, 12944, 2021, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-030-86692-1⟩
hal-01237045v1  Article dans une revue
Donald E. K. Martin, Laurent Noé. Faster exact distributions of pattern statistics through sequential elimination of states
Annals of the Institute of Statistical Mathematics, Springer Verlag, 2017, 69 (1), pp.231--248. ⟨10.1007/s10463-015-0540-y⟩
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hal-01574824v1  Poster
Pierre Marijon, Jean-Stéphane Varré, Rayan Chikhi. Debugging long-read genome and metagenome assemblies using string graph analysis
JOBIM 2017- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
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hal-01566246v1  Communication dans un congrès
Antoine Limasset, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo. Fast and scalable minimal perfect hashing for massive key sets
16th International Symposium on Experimental Algorithms, Jun 2017, London, United Kingdom. pp.1 - 11
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hal-02267357v1  Poster
Nicolas Guillaudeux, Catherine Belleannée, Samuel Blanquart, Jean-Stéphane Varré. Predicting isoform transcripts: What does the comparison of known transcripts in human, mouse and dog tell us?
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. 8, pp.1, 2019, ⟨10.7490/f1000research.1117311.1⟩
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hal-01935559v1  Article dans une revue
Alan Kuhnle, Victoria G. Crawford, Christina Boucher, Rayan Chikhi, Travis Gagie. Practical dynamic de Bruijn graphs
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2018, ⟨10.1093/bioinformatics/bty500⟩
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hal-01743104v1  Article dans une revue
Tatiana Rocher, Mathieu Giraud, Mikaël Salson. Indexing labeled sequences
PeerJ Computer Science, PeerJ, 2018, 4, pp.1-14. ⟨10.7717/peerj-cs.148⟩
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hal-01500115v1  Communication dans un congrès
Juraj Michálik, Hélène Touzet, Yann Ponty. Efficient approximations of RNA kinetics landscape using non-redundant sampling
ISMB/ECCB - 25th Annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology/16th European Conference on Computational Biology - 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. pp.i283 - i292, ⟨10.1093/bioinformatics/btx269⟩
inria-00609791v1  Communication dans un congrès
Anna Gambin, Slawomir Lasota, Michal Startek, Maciej Sykulski, Laurent Noé et al.  Subset seed extension to Protein BLAST
Bioinformatics 2011 - International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Jan 2011, Rome, Italy. pp.149-158, ⟨10.5220/0003147601490158⟩
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hal-02376009v1  Article dans une revue
Areski Flissi, Emma Ricart, Clémentine Campart, Mickael Chevalier, Yoann Dufresne et al.  Norine: update of the nonribosomal peptide resource
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2019, ⟨10.1093/nar/gkz1000⟩
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tel-01067114v1  Thèse
Antoine Thomas. Rearrangement problems with duplicated genomic markers
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2014. English
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tel-00823447v1  Thèse
Ségolène Caboche. Mise en place d'une plate-forme logicielle pour l'analyse des peptides non-ribosomiaux
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français
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inria-00340510v1  Article dans une revue
Pierre Peterlongo, Laurent Noé, Dominique Lavenier, van Hoa Nguyen, Gregory Kucherov et al.  Optimal neighborhood indexing for protein similarity search
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2008, 9 (534), ⟨10.1186/1471-2105-9-534⟩
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hal-00784444v1  Article dans une revue
Marta Gîrdea, Laurent Noé, Gregory Kucherov. Back-translation for discovering distant protein homologies in the presence of frameshift mutations
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2010, 5 (1), pp.6. ⟨10.1186/1748-7188-5-6⟩
inria-00635003v1  Article dans une revue
Antoine Thomas, Jean-Stéphane Varré, Ouangraoua Aïda. Genome Dedoubling by DCJ and Reversal
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2011, 12 (Supplement 9), ⟨10.1186/1471-2105-12-S9-S20⟩
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hal-01084318v1  Article dans une revue
Robert Giegerich, Hélène Touzet. Modeling Dynamic Programming Problems over Sequences and Trees with Inverse Coupled Rewrite Systems
Algorithms, MDPI, 2014, 7, pp.62 - 144. ⟨10.3390/a7010062⟩
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hal-00843827v1  Communication dans un congrès
Yoann Dufresne, Valérie Leclère, Philippe Jacques, Laurent Noé, Maude Pupin. Non Ribosomal Peptides : A monomeric puzzle
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. pp.143-150