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hal-00623404v1  Article dans une revue
Mathieu GiraudJean-Stéphane Varré. Parallel Position Weight Matrices Algorithms
Parallel Computing, Elsevier, 2011, 37, pp.466-478. ⟨10.1016/j.parco.2010.10.001⟩
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inria-00623390v1  Communication dans un congrès
Mathieu GiraudStéphane JanotJean-Frédéric BerthelotCharles DeltelLaetitia Jourdan et al.  Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics
Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria
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hal-00563408v1  Chapitre d'ouvrage
Jean-Stéphane VarréBertil SchmidtStéphane JanotMathieu Giraud. Manycore high-performance computing in bioinformatics
Laura Elnitski, Helen Piontkivska, Lonnie R Welch. Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery, World Scientific, chapter 8, 2011
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hal-02435116v1  Communication dans un congrès
Pierre MorisseCamille MarchetAntoine LimassetThierry LecroqArnaud Lefebvre. CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment
Recomb-Seq 2019 - 9th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, May 2019, Washinton, United States. pp.1-9, ⟨10.1101/546630⟩
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tel-00833144v1  Thèse
Aude Darracq. Évolution des génomes mitochondriaux de plantes : approche de génomique comparative chez Zea mays et Beta vulgaris
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2010. Français
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tel-01577763v1  HDR
Mathieu Giraud. Compter les globules blancs, analyser les partitions
Informatique [cs]. Université de Lille 1 – Sciences et Technologies, 2016
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tel-00918918v1  HDR
Maude Pupin. Modèles bio-informatiques pour les peptides non-ribosomiques et leurs synthétases
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2013
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tel-02124550v1  Thèse
Juraj Michalik. Non-redundant sampling in RNA Bioinformatics
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Paris Saclay (COmUE), 2019. English. ⟨NNT : 2019SACLX009⟩
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tel-00401991v2  Thèse
Arnaud Fontaine. Classification d'ARN codants et d'ARN non-codants
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français
hal-01395704v1  Article dans une revue
Rayan ChikhiAntoine LimassetPaul Medvedev. Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (12), pp.i201 - i208. ⟨10.1093/bioinformatics/btw279⟩
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hal-01390478v1  Article dans une revue
Tobias MarschallManja MarzThomas AbeelLouis DijkstraBas E. Dutilh et al.  Computational pan-genomics: status, promises and challenges
Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2018, 19 (1), pp.118-135. ⟨10.1093/bib/bbw089⟩
hal-03443183v1  Article dans une revue
Antoine LimassetCamille MarchetMael Kerbiriou. BLight: efficient exact associative structure for k-mers
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2021, 37 (18), pp.2858-2865. ⟨10.1093/bioinformatics/btab217⟩
hal-03081813v1  Article dans une revue
Ammar AbdoEissa GhalebNaser AlajmiMaude Pupin. Monomer structure fingerprints: an extension of the monomer composition version for peptide databases
Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2020, 34 (11), pp.1147-1156. ⟨10.1007/s10822-020-00336-8⟩
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hal-00823594v1  Article dans une revue
Arnaud FontaineAntoine de MonteHélène Touzet. MAGNOLIA: multiple alignment of protein-coding and structural RNA sequences.
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2008, 36 (Web Server issue), pp.W14-8. ⟨10.1093/nar/gkn321⟩
hal-01228130v1  Article dans une revue
Azadeh SaffarianMathieu GiraudHélène Touzet. Modeling alternate RNA structures in genomic sequences.
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2015, 22 (3), pp.190-204
hal-01100152v1  Communication dans un congrès
Nathalie GrardelMikaël SalsonAurélie CaillaultMarc DuezCéline Villenet et al.  Diagnostic et suivi des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) par séquençage haut-débit (HTS)
Congrès de la Société Française d'Hématologie (SFH), 2014, Paris, France
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hal-01574630v1  Communication dans un congrès
Chadi SaadLaurent NoéHugues RichardJulie LeclercMarie-Pierre Buisine et al.  DiNAMO: Exact method for degenerate IUPAC motifs discovery, characterization of sequence-specific errors
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
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hal-01083841v1  Communication dans un congrès
Amandine PerrinJean-Stéphane VarréSamuel BlanquartAïda Ouangraoua. ProCARs: Progressive Reconstruction of Ancestral Gene Orders
ISCB-Latin America, Oct 2014, Belo Horizonte, Brazil
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hal-01090611v1  Article dans une revue
Ammar AbdoValérie LeclèrePhilippe JacquesNaomie SalimMaude Pupin. Prediction of New Bioactive Molecules using a Bayesian Belief Network
Journal of Chemical Information and Modeling, American Chemical Society, 2014, 54 (1), pp.30-36. ⟨10.1021/ci4004909⟩
hal-00823601v1  Article dans une revue
Arnaud FontaineHélène Touzet. Computational identification of protein-coding sequences by comparative analysis
International Journal of Data Mining and Bioinformatics, Inderscience, 2009, 3 (2), pp.160-76. ⟨10.1504/ijdmb.2009.024849⟩