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tel-00919185v2  Thèse
Evguenia Kopylova. New algorithmic and bioinformatic approaches for the analysis of data from high throughput sequencing
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2013. English
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hal-00756249v1  Article dans une revue
Azadeh SaffarianMathieu GiraudAntoine de MonteHélène Touzet. RNA Locally Optimal Secondary Structures
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2012, 19 (10), pp.1120-1133. ⟨10.1089/cmb.2010.0178⟩
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tel-00832685v1  HDR
Jean-Stéphane Varré. Algorithmes pour la comparaison de génomes et la recherche de signaux cis-régulateurs
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2008
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inria-00448741v1  Communication dans un congrès
Marta L. GîrdeaLaurent NoéGregory Kucherov. Back-translation for discovering distant protein homologies
the 9th International Workshop in Algorithms in Bioinformatics (WABI), Sep 2009, Philadelphia, United States. pp.108-120, ⟨10.1007/978-3-642-04241-6_10⟩
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tel-00832725v1  Thèse
Aude Liefooghe. Matrices score-position, algorithmes et propriétés
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2008. Français
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hal-01576319v1  Communication dans un congrès
Tatiana RocherMathieu GiraudMikael Salson. Indexer un ensemble de séquences ADN annotées
JOBIM, Jun 2016, Lyon, France
hal-03368750v1  Ouvrage (y compris édition critique et traduction)
Thierry LecroqHélène Touzet. String Processing and Information Retrieval
Springer International Publishing, 12944, 2021, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-030-86692-1⟩
hal-01237045v1  Article dans une revue
Donald E. K. MartinLaurent Noé. Faster exact distributions of pattern statistics through sequential elimination of states
Annals of the Institute of Statistical Mathematics, Springer Verlag, 2017, 69 (1), pp.231--248. ⟨10.1007/s10463-015-0540-y⟩
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hal-01574824v1  Poster
Pierre MarijonJean-Stéphane VarréRayan Chikhi. Debugging long-read genome and metagenome assemblies using string graph analysis
JOBIM 2017- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
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hal-01566246v1  Communication dans un congrès
Antoine LimassetGuillaume RizkRayan ChikhiPierre Peterlongo. Fast and scalable minimal perfect hashing for massive key sets
16th International Symposium on Experimental Algorithms, Jun 2017, London, United Kingdom. pp.1 - 11
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hal-01743104v1  Article dans une revue
Tatiana RocherMathieu GiraudMikaël Salson. Indexing labeled sequences
PeerJ Computer Science, PeerJ, 2018, 4, pp.1-14. ⟨10.7717/peerj-cs.148⟩
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hal-01500115v1  Communication dans un congrès
Juraj MichálikHélène TouzetYann Ponty. Efficient approximations of RNA kinetics landscape using non-redundant sampling
ISMB/ECCB - 25th Annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology/16th European Conference on Computational Biology - 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. pp.i283 - i292, ⟨10.1093/bioinformatics/btx269⟩
inria-00609791v1  Communication dans un congrès
Anna GambinSlawomir LasotaMichal StartekMaciej SykulskiLaurent Noé et al.  Subset seed extension to Protein BLAST
Bioinformatics 2011 - International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Jan 2011, Rome, Italy. pp.149-158, ⟨10.5220/0003147601490158⟩
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tel-01067114v1  Thèse
Antoine Thomas. Rearrangement problems with duplicated genomic markers
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2014. English
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tel-00823447v1  Thèse
Ségolène Caboche. Mise en place d'une plate-forme logicielle pour l'analyse des peptides non-ribosomiaux
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français
inria-00635003v1  Article dans une revue
Antoine ThomasJean-Stéphane VarréOuangraoua Aïda. Genome Dedoubling by DCJ and Reversal
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2011, 12 (Supplement 9), ⟨10.1186/1471-2105-12-S9-S20⟩
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hal-00843827v1  Communication dans un congrès
Yoann DufresneValérie LeclèrePhilippe JacquesLaurent NoéMaude Pupin. Non Ribosomal Peptides : A monomeric puzzle
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. pp.143-150