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hal-00843827v1  Communication dans un congrès
yoann DufresneValérie LeclèrePhilippe JacquesLaurent NoéMaude Pupin. Non Ribosomal Peptides : A monomeric puzzle
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. pp.143-150
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tel-01576433v1  Thèse
Christophe Vroland. Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Lille 1 Sciences et technologies, 2016. Français
hal-01935568v1  Communication dans un congrès
Anna KuosmanenTopi PaavilainenTravis GagieRayan ChikhiAlexandru Ioan Tomescu et al.  Using Minimum Path Cover to Boost Dynamic Programming on DAGs: Co-Linear Chaining Extended
RECOMB 2018 - 22nd Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, Apr 2018, Paris, France
inria-00635003v1  Article dans une revue
Antoine ThomasJean-Stéphane VarréOuangraoua Aïda. Genome Dedoubling by DCJ and Reversal
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2011, 12 (Supplement 9), ⟨10.1186/1471-2105-12-S9-S20⟩
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inria-00354773v1  Article dans une revue
Mikhail A. RoytbergAnna GambinLaurent NoéSlawomir LasotaEugenia Furletova et al.  On subset seeds for protein alignment
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2009, 6 (3), pp.483-494. ⟨10.1109/TCBB.2009.4⟩
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tel-00823447v1  Thèse
Ségolène Caboche. Mise en place d'une plate-forme logicielle pour l'analyse des peptides non-ribosomiaux
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français
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inria-00335564v1  Communication dans un congrès
Mihkail RoytbergAnna GambinLaurent NoéSlawomir LasotaEugenia Furletova et al.  Efficient seeding techniques for protein similarity search
Proceedings of the 2nd International Conference BIRD, Jul 2008, Vienna, Austria. pp.466-478, ⟨10.1007/978-3-540-70600-7⟩
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inria-00637227v1  Communication dans un congrès
Tuan Tu TranMathieu GiraudJean-Stéphane Varré. Bit-Parallel Multiple Pattern Matching
Parallel Processing and Applied Mathematics / Parallel Biocomputing Conference (PPAM / PBC 11), 2011, Torun, Poland
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hal-01889117v1  Poster
yoann DufresneJuraj MichalikAreski FlissiValérie LeclèreMaude Pupin. Data updates on Norine, the reference Non-Ribosomal Peptide knowledge base
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
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tel-02441360v1  Thèse
Pierre Marijon. Novel components at the periphery of long read genome assembly tools
Computer Science [cs]. University of Lille, 2019. English
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tel-01067114v1  Thèse
Antoine Thomas. Rearrangement problems with duplicated genomic markers
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2014. English
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tel-01758361v1  Thèse
Tatiana Rocher. Compression et indexation de séquences annotées
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lille, 2018. Français
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hal-00734312v1  Communication dans un congrès
Maude PupinMalika Smaïl-TabbonePhilippe JacquesMarie-Dominique DevignesValérie Leclère. NRPS toolbox for the discovery of new nonribosomal peptides and synthetases
Journées Ouvertes en Biologie, l'Informatique et les Mathématiques - JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France. pp.89-93
hal-03461046v1  Article dans une revue
Maude PupinAmmar Abdo. LINGO-DL: a text-based approach for molecular similarity searching
Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2021, 35 (5), pp.657-665. ⟨10.1007/s10822-021-00383-9⟩