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tel-01067114v1  Thèse
Antoine Thomas. Rearrangement problems with duplicated genomic markers
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2014. English
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hal-00843827v1  Communication dans un congrès
Yoann DufresneValérie LeclèrePhilippe JacquesLaurent NoéMaude Pupin. Non Ribosomal Peptides : A monomeric puzzle
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. pp.143-150
inria-00635003v1  Article dans une revue
Antoine ThomasJean-Stéphane VarréOuangraoua Aïda. Genome Dedoubling by DCJ and Reversal
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2011, 12 (Supplement 9), ⟨10.1186/1471-2105-12-S9-S20⟩
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tel-00823447v1  Thèse
Ségolène Caboche. Mise en place d'une plate-forme logicielle pour l'analyse des peptides non-ribosomiaux
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français
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tel-01576433v1  Thèse
Christophe Vroland. Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Lille 1 Sciences et technologies, 2016. Français
hal-02417587v1  Article dans une revue
Mickael ChevalierEmma RicartEmeline HanozinMaude PupinPhilippe Jacques et al.  Kendrick Mass Defect Approach Combined to NORINE Database for Molecular Formula Assignment of Nonribosomal Peptides
Journal of The American Society for Mass Spectrometry, American Chemical Society 2019, 30 (12), pp.2608-2616. ⟨10.1007/s13361-019-02314-3⟩
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tel-02441360v1  Thèse
Pierre Marijon. Novel components at the periphery of long read genome assembly tools
Computer Science [cs]. University of Lille, 2019. English
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tel-01758361v1  Thèse
Tatiana Rocher. Compression et indexation de séquences annotées
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lille, 2018. Français
hal-03461046v1  Article dans une revue
Maude PupinAmmar Abdo. LINGO-DL: a text-based approach for molecular similarity searching
Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2021, 35 (5), pp.657-665. ⟨10.1007/s10822-021-00383-9⟩
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hal-01889117v1  Poster
Yoann DufresneJuraj MichalikAreski FlissiValérie LeclèreMaude Pupin. Data updates on Norine, the reference Non-Ribosomal Peptide knowledge base
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
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hal-00756249v1  Article dans une revue
Azadeh SaffarianMathieu GiraudAntoine de MonteHélène Touzet. RNA Locally Optimal Secondary Structures
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2012, 19 (10), pp.1120-1133. ⟨10.1089/cmb.2010.0178⟩
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tel-00919185v2  Thèse
Evguenia Kopylova. New algorithmic and bioinformatic approaches for the analysis of data from high throughput sequencing
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2013. English
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tel-00832685v1  HDR
Jean-Stéphane Varré. Algorithmes pour la comparaison de génomes et la recherche de signaux cis-régulateurs
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2008
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tel-00832725v1  Thèse
Aude Liefooghe. Matrices score-position, algorithmes et propriétés
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2008. Français
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inria-00448741v1  Communication dans un congrès
Marta L. GîrdeaLaurent NoéGregory Kucherov. Back-translation for discovering distant protein homologies
the 9th International Workshop in Algorithms in Bioinformatics (WABI), Sep 2009, Philadelphia, United States. pp.108-120, ⟨10.1007/978-3-642-04241-6_10⟩
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hal-01743104v1  Article dans une revue
Tatiana RocherMathieu GiraudMikaël Salson. Indexing labeled sequences
PeerJ Computer Science, PeerJ, 2018, 4, pp.1-14. ⟨10.7717/peerj-cs.148⟩
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hal-01576319v1  Communication dans un congrès
Tatiana RocherMathieu GiraudMikael Salson. Indexer un ensemble de séquences ADN annotées
JOBIM, Jun 2016, Lyon, France