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hal-02435116v1  Communication dans un congrès
Pierre MorisseCamille MarchetAntoine LimassetThierry LecroqArnaud Lefebvre. CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment
Recomb-Seq 2019 - 9th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, May 2019, Washinton, United States. pp.1-9, ⟨10.1101/546630⟩
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tel-01577763v1  HDR
Mathieu Giraud. Compter les globules blancs, analyser les partitions
Informatique [cs]. Université de Lille 1 – Sciences et Technologies, 2016
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hal-01396410v1  Article dans une revue
Samuel BlanquartJean-Stéphane VarréPaul GuertinAmandine PerrinAnne Bergeron et al.  Assisted transcriptome reconstruction and splicing orthology
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, Proceedings of the 14th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Comparative Genomics Satellite Workshop: genomics, 17 (Suppl 10), pp.786. ⟨10.1186/s12864-016-3103-6⟩
hal-01395704v1  Article dans une revue
Rayan ChikhiAntoine LimassetPaul Medvedev. Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (12), pp.i201 - i208. ⟨10.1093/bioinformatics/btw279⟩
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hal-01390478v1  Article dans une revue
Tobias MarschallManja MarzThomas AbeelLouis DijkstraBas E. Dutilh et al.  Computational pan-genomics: status, promises and challenges
Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2018, 19 (1), pp.118-135. ⟨10.1093/bib/bbw089⟩
hal-03443183v1  Article dans une revue
Antoine LimassetCamille MarchetMael Kerbiriou. BLight: efficient exact associative structure for k-mers
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2021, 37 (18), pp.2858-2865. ⟨10.1093/bioinformatics/btab217⟩
hal-03081813v1  Article dans une revue
Ammar AbdoEissa GhalebNaser AlajmiMaude Pupin. Monomer structure fingerprints: an extension of the monomer composition version for peptide databases
Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2020, 34 (11), pp.1147-1156. ⟨10.1007/s10822-020-00336-8⟩
hal-01228130v1  Article dans une revue
Azadeh SaffarianMathieu GiraudHélène Touzet. Modeling alternate RNA structures in genomic sequences.
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2015, 22 (3), pp.190-204
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hal-01574630v1  Communication dans un congrès
Chadi SaadLaurent NoéHugues RichardJulie LeclercMarie-Pierre Buisine et al.  DiNAMO: Exact method for degenerate IUPAC motifs discovery, characterization of sequence-specific errors
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
hal-01935562v1  Communication dans un congrès
Rayan ChikhiVladan JovičićStefan KratschPaul MedvedevMartin Milanic et al.  Bipartite Graphs of Small Readability
COCOON 2018 - The 24th International Computing and Combinatorics Conference, Jul 2018, Qingdao, China
hal-01398960v1  Chapitre d'ouvrage
Valérie LeclèreTilmann WeberPhilippe JacquesMaude Pupin. Bioinformatics Tools for the Discovery of New Nonribosomal Peptides
Bradley S. Evans. Nonribosomal Peptide and Polyketide Biosynthesis, 1401, Humana Press, pp.209-232, 2016, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3373-0 978-1-4939-3375-4. ⟨10.1007/978-1-4939-3375-4_14⟩
hal-01153893v1  Communication dans un congrès
Tuan Tu TranMathieu GiraudJean-Stéphane Varré. Perfect Hashing Structures for Parallel Similarity Searches
International Workshop on High Performance Computational Biology (HiCOMB 2015) / International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS 2015), 2015, Hyderabad, India. pp.332-341, ⟨10.1109/IPDPSW.2015.105⟩