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	hal-02435116v1 Communication dans un congrès Pierre Morisse, Camille Marchet, Antoine Limasset, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre. CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment Recomb-Seq 2019 - 9th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, May 2019, Washinton, United States. pp.1-9, ⟨10.1101/546630⟩
	hal-02167175v1 Article dans une revue Pierre Marijon, Rayan Chikhi, Jean-Stéphane Varré. Graph analysis of fragmented long-read bacterial genome assemblies Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, ⟨10.1093/bioinformatics/btz219⟩
	hal-02407243v1 Article dans une revue Antoine Limasset, Jean-François Flot, Pierre Peterlongo. Toward perfect reads: self-correction of short reads via mapping on de Bruijn graphs Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, ⟨10.1093/bioinformatics/btz102⟩
	hal-01937890v1 Article dans une revue Maude Pupin, Areski Flissi, Philippe Jacques, Valérie Leclère. Bioinformatics tools for the discovery of new lipopeptides with biocontrol applications European Journal of Plant Pathology, Springer Verlag, 2018, ⟨10.1007/s10658-018-1544-2⟩
	tel-01577763v1 HDR Mathieu Giraud. Compter les globules blancs, analyser les partitions Informatique [cs]. Université de Lille 1 – Sciences et Technologies, 2016
	hal-03165261v1 Article dans une revue Camille Marchet, Christina Boucher, Simon Puglisi, Paul Medvedev, Mikaël Salson et al. Data structures based on k -mers for querying large collections of sequencing data sets Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2021, 31 (1), pp.1-12. ⟨10.1101/gr.260604.119⟩
	hal-01575755v1 Article dans une revue Léa Siegwald, Hélène Touzet, yves Lemoine, David Hot, Christophe Audebert et al. Assessment of Common and Emerging Bioinformatics Pipelines for Targeted Metagenomics PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, 12 (1), pp.e0169563. ⟨10.1371/journal.pone.0169563⟩
	hal-01396410v1 Article dans une revue Samuel Blanquart, Jean-Stéphane Varré, Paul Guertin, Amandine Perrin, Anne Bergeron et al. Assisted transcriptome reconstruction and splicing orthology BMC Genomics, BioMed Central, 2016, Proceedings of the 14th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Comparative Genomics Satellite Workshop: genomics, 17 (Suppl 10), pp.786. ⟨10.1186/s12864-016-3103-6⟩
	hal-01395704v1 Article dans une revue Rayan Chikhi, Antoine Limasset, Paul Medvedev. Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (12), pp.i201 - i208. ⟨10.1093/bioinformatics/btw279⟩
	hal-01390478v1 Article dans une revue Tobias Marschall, Manja Marz, Thomas Abeel, Louis Dijkstra, Bas E. Dutilh et al. Computational pan-genomics: status, promises and challenges Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2018, 19 (1), pp.118-135. ⟨10.1093/bib/bbw089⟩
	hal-03107529v2 Article dans une revue Asma S. Khelifa, Cecilia Guillen Sanchez, Kevin M. Lesage, Ludovic Huot, Thomas Mouveaux et al. TgAP2IX-5 is a key transcriptional regulator of the asexual cell cycle division in Toxoplasma gondii Nature Communications, Nature Publishing Group, 2021, 12, pp.116. ⟨10.1038/s41467-020-20216-x⟩
	hal-03443183v1 Article dans une revue Antoine Limasset, Camille Marchet, Mael Kerbiriou. BLight: efficient exact associative structure for k-mers Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2021, 37 (18), pp.2858-2865. ⟨10.1093/bioinformatics/btab217⟩
	hal-03081813v1 Article dans une revue Ammar Abdo, Eissa Ghaleb, Naser Alajmi, Maude Pupin. Monomer structure fingerprints: an extension of the monomer composition version for peptide databases Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2020, 34 (11), pp.1147-1156. ⟨10.1007/s10822-020-00336-8⟩
	hal-02403094v1 Article dans une revue Delphine Beury, Léa Fléchon, Florence Maurier, Ségolène Caboche, Jean-Stéphane Varré et al. Use of whole-genome sequencing in the molecular investigation of care-associated HCoV-OC43 infections in a hematopoietic stem cell transplant unit Journal of Clinical Virology, Elsevier, 2020, 122, pp.104206. ⟨10.1016/j.jcv.2019.104206⟩
	hal-02394395v1 Article dans une revue Leandro Lima, Camille Marchet, Ségolène Caboche, Corinne da Silva, Benjamin Istace et al. Comparative assessment of long-read error correction software applied to Nanopore RNA-sequencing data Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, pp.1-18. ⟨10.1093/bib/bbz058⟩
	hal-01228130v1 Article dans une revue Azadeh Saffarian, Mathieu Giraud, Hélène Touzet. Modeling alternate RNA structures in genomic sequences. Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2015, 22 (3), pp.190-204
	hal-01279160v1 Article dans une revue yann Ferret, Aurélie Caillault, Shéhérazade Sebda, Marc Duez, Nathalie Grardel et al. Multi-loci diagnosis of acute lymphoblastic leukaemia with high-throughput sequencing and bioinformatics analysis British Journal of Haematology, Wiley, 2016, 173 (3), pp.413-420. ⟨10.1111/bjh.13981⟩
	hal-01574630v1 Communication dans un congrès Chadi Saad, Laurent Noé, Hugues Richard, Julie Leclerc, Marie-Pierre Buisine et al. DiNAMO: Exact method for degenerate IUPAC motifs discovery, characterization of sequence-specific errors JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
	hal-01646297v1 Article dans une revue Pierre Pericard, yoann Dufresne, Loïc Couderc, Samuel Blanquart, Hélène Touzet. MATAM: reconstruction of phylogenetic marker genes from short sequencing reads in metagenomes Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, ⟨10.1093/bioinformatics/btx644⟩
	hal-01728770v1 Article dans une revue Jérôme Audoux, Nicolas Philippe, Rayan Chikhi, Mikael Salson, Mélina Gallopin et al. DE-kupl: exhaustive capture of biological variation in RNA-seq data through k-mer decomposition Genome Biology, BioMed Central, 2017, 18 (1), pp.1-15. ⟨10.1186/s13059-017-1372-2⟩
	hal-00804915v1 Rapport Antoine Rousseau, Aurélie Darnaud, Brice Goglin, Céline Acharian, Christine Leininger et al. Médiation Scientifique : une facette de nos métiers de la recherche [Interne] Inria. 2013, pp.34
	hal-03081849v1 Article dans une revue Loïc Meunier, Pierre Tocquin, Luc Cornet, Damien Sirjacobs, Valérie Leclère et al. Palantir: a springboard for the analysis of secondary metabolite gene clusters in large-scale genome mining projects Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2020, 36 (15), pp.4345-4347. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa517⟩
	hal-01601408v1 Article dans une revue Qassim Esmaeel, Mickael Chevalier, Gabrielle Chataigne, Rathinasamy Subashkumar, Philippe Jacques et al. Nonribosomal peptide synthetase with a unique iterative-alternative-optional mechanism catalyzes amonabactin synthesis in Aeromonas Applied Microbiology and Biotechnology, Springer Verlag, 2016, 100 (19), pp.8453-8463. ⟨10.1007/s00253-016-7773-4⟩
	hal-01935562v1 Communication dans un congrès Rayan Chikhi, Vladan Jovičić, Stefan Kratsch, Paul Medvedev, Martin Milanic et al. Bipartite Graphs of Small Readability COCOON 2018 - The 24th International Computing and Combinatorics Conference, Jul 2018, Qingdao, China
	hal-01395702v1 Article dans une revue Marta Tomaszkiewicz, Samarth Rangavittal, Monika Cechova, Rebeca Campos Sanchez, Howard William Fescemyer et al. A time- and cost-effective strategy to sequence mammalian Y Chromosomes: an application to the de novo assembly of gorilla Y Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2016, 26 (4), pp.530 - 540. ⟨10.1101/gr.199448.115⟩
	hal-01398960v1 Chapitre d'ouvrage Valérie Leclère, Tilmann Weber, Philippe Jacques, Maude Pupin. Bioinformatics Tools for the Discovery of New Nonribosomal Peptides Bradley S. Evans. Nonribosomal Peptide and Polyketide Biosynthesis, 1401, Humana Press, pp.209-232, 2016, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3373-0 978-1-4939-3375-4. ⟨10.1007/978-1-4939-3375-4_14⟩
	hal-01153893v1 Communication dans un congrès Tuan Tu Tran, Mathieu Giraud, Jean-Stéphane Varré. Perfect Hashing Structures for Parallel Similarity Searches International Workshop on High Performance Computational Biology (HiCOMB 2015) / International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS 2015), 2015, Hyderabad, India. pp.332-341, ⟨10.1109/IPDPSW.2015.105⟩
	hal-01250614v1 Article dans une revue Maude Pupin, Qassim Esmaeel, Areski Flissi, yoann Dufresne, Philippe Jacques et al. Norine: a powerful resource for novel nonribosomal peptide discovery Synthetic and Systems Biotechnology, KeAi, 2015, ⟨10.1016/j.synbio.2015.11.001⟩
	hal-03443171v1 Article dans une revue Antoine Limasset, Christopher Quince, Sergey Nurk, Sebastien Raguideau, Robert James et al. STRONG: metagenomics strain resolution on assembly graphs Genome Biology, BioMed Central, 2021, 22 (1), ⟨10.1186/s13059-021-02419-7⟩
	hal-02298474v1 Article dans une revue Jean-Stéphane Varré, Nunzio d'Agostino, Pascal Touzet, Sophie Gallina, Rachele Tamburino et al. Complete Sequence, Multichromosomal Architecture and Transcriptome Analysis of the Solanum tuberosum Mitochondrial Genome International Journal of Molecular Sciences, MDPI, 2019, 20, ⟨10.3390/ijms20194788⟩
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