Accéder directement au contenu Accéder directement à la navigation

Recherche par documents
...
hal-01552490v1  Communication dans un congrès
Tatiana Rocher, Maude Pupin, Philippe Marquet, Yann Secq. How to make teenage girls love coding ?
womENcourage2017 - 4th ACM Europe Celebration of Women in Computing, ACM, Sep 2017, Barcelona, Spain
...
tel-01576433v1  Thèse
Christophe Vroland. Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Lille 1 Sciences et technologies, 2016. Français
hal-02417587v1  Article dans une revue
Mickael Chevalier, Emma Ricart, Emeline Hanozin, Maude Pupin, Philippe Jacques et al.  Kendrick Mass Defect Approach Combined to NORINE Database for Molecular Formula Assignment of Nonribosomal Peptides
Journal of The American Society for Mass Spectrometry, American Chemical Society 2019, 30 (12), pp.2608-2616. ⟨10.1007/s13361-019-02314-3⟩
...
hal-01398944v1  Article dans une revue
Qassim Esmaeel, Maude Pupin, Nam Phuong Kieu, Gabrielle Chataigné, Max Béchet et al.  Burkholderia genome mining for nonribosomal peptide synthetases reveals a great potential for novel siderophores and lipopeptides synthesis
MicrobiologyOpen, Wiley, 2016, 5 (3), pp.512 - 526. ⟨10.1002/mbo3.347⟩
...
tel-02441360v1  Thèse
Pierre Marijon. Novel components at the periphery of long read genome assembly tools
Computer Science [cs]. University of Lille, 2019. English
...
tel-01758361v1  Thèse
Tatiana Rocher. Compression et indexation de séquences annotées
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lille, 2018. Français
hal-03461046v1  Article dans une revue
Maude Pupin, Ammar Abdo. LINGO-DL: a text-based approach for molecular similarity searching
Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2021, 35 (5), pp.657-665. ⟨10.1007/s10822-021-00383-9⟩
...
hal-01633525v1  Article dans une revue
Alexander Sczyrba, Peter Hofmann, Peter Belmann, David Koslicki, Stefan Janssen et al.  Critical Assessment of Metagenome Interpretation – a benchmark of computational metagenomics software
Nature Methods, Nature Publishing Group, 2017, 14 (11), pp.1063 - 1071. ⟨10.1038/nmeth.4458⟩
...
hal-01889117v1  Poster
Yoann Dufresne, Juraj Michalik, Areski Flissi, Valérie Leclère, Maude Pupin. Data updates on Norine, the reference Non-Ribosomal Peptide knowledge base
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
...
hal-02167880v1  Article dans une revue
Florence Maurier, Delphine Beury, Léa Fléchon, Jean-Stéphane Varré, Hélène Touzet et al.  A complete protocol for whole-genome sequencing of virus from clinical samples: Application to coronavirus OC43
Virology, Elsevier, 2019, 531, pp.141-148. ⟨10.1016/j.virol.2019.03.006⟩
...
hal-01743104v1  Article dans une revue
Tatiana Rocher, Mathieu Giraud, Mikaël Salson. Indexing labeled sequences
PeerJ Computer Science, PeerJ, 2018, 4, pp.1-14. ⟨10.7717/peerj-cs.148⟩
...
hal-01576319v1  Communication dans un congrès
Tatiana Rocher, Mathieu Giraud, Mikael Salson. Indexer un ensemble de séquences ADN annotées
JOBIM, Jun 2016, Lyon, France
...
tel-01738687v2  Thèse
Pierre Pericard. Algorithmes pour la reconstruction de séquences de marqueurs conservés dans des données de métagénomique
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lille, 2017. Français. ⟨NNT : 2017LIL10084⟩
...
hal-01250619v1  Article dans une revue
Yoann Dufresne, Laurent Noé, Valérie Leclère, Maude Pupin. Smiles2Monomers: a link between chemical and biological structures for polymers
Journal of Cheminformatics, Chemistry Central Ltd. and BioMed Central, 2015, 7, ⟨10.1186/s13321-015-0111-5⟩
...
hal-01500115v1  Communication dans un congrès
Juraj Michálik, Hélène Touzet, Yann Ponty. Efficient approximations of RNA kinetics landscape using non-redundant sampling
ISMB/ECCB - 25th Annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology/16th European Conference on Computational Biology - 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. pp.i283 - i292, ⟨10.1093/bioinformatics/btx269⟩
hal-01516289v1  Article dans une revue
Anton W Langerak, Monika Brüggemann, Frédéric Davi, Nikos Darzentas, Jacques J M van Dongen et al.  High-Throughput Immunogenetics for Clinical and Research Applications in Immunohematology: Potential and Challenges.
Journal of Immunology, Publisher : Baltimore : Williams & Wilkins, c1950-. Latest Publisher : Bethesda, MD : American Association of Immunologists, 2017, pp.1602050. ⟨10.4049/jimmunol.1602050⟩
hal-03368750v1  Ouvrage (y compris édition critique et traduction)
Thierry Lecroq, Hélène Touzet. String Processing and Information Retrieval
Springer International Publishing, 12944, 2021, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-030-86692-1⟩
hal-01237045v1  Article dans une revue
Donald E. K. Martin, Laurent Noé. Faster exact distributions of pattern statistics through sequential elimination of states
Annals of the Institute of Statistical Mathematics, Springer Verlag, 2017, 69 (1), pp.231--248. ⟨10.1007/s10463-015-0540-y⟩
...
hal-01574824v1  Poster
Pierre Marijon, Jean-Stéphane Varré, Rayan Chikhi. Debugging long-read genome and metagenome assemblies using string graph analysis
JOBIM 2017- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
...
hal-01566246v1  Communication dans un congrès
Antoine Limasset, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo. Fast and scalable minimal perfect hashing for massive key sets
16th International Symposium on Experimental Algorithms, Jun 2017, London, United Kingdom. pp.1 - 11
...
hal-02267357v1  Poster
Nicolas Guillaudeux, Catherine Belleannée, Samuel Blanquart, Jean-Stéphane Varré. Predicting isoform transcripts: What does the comparison of known transcripts in human, mouse and dog tell us?
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. 8, pp.1, 2019, ⟨10.7490/f1000research.1117311.1⟩
...
hal-01935559v1  Article dans une revue
Alan Kuhnle, Victoria G. Crawford, Christina Boucher, Rayan Chikhi, Travis Gagie. Practical dynamic de Bruijn graphs
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2018, ⟨10.1093/bioinformatics/bty500⟩
...
hal-03406292v1  Article dans une revue
Paul Simion, Jitendra Narayan, Antoine Houtain, Alessandro Derzelle, Lyam Baudry et al.  Chromosome-level genome assembly reveals homologous chromosomes and recombination in asexual rotifer Adineta vaga
Science Advances , American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2021, 7 (41), pp.eabg4216. ⟨10.1126/sciadv.abg4216⟩
...
hal-02376009v1  Article dans une revue
Areski Flissi, Emma Ricart, Clémentine Campart, Mickael Chevalier, Yoann Dufresne et al.  Norine: update of the nonribosomal peptide resource
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2019, ⟨10.1093/nar/gkz1000⟩
hal-01398960v1  Chapitre d'ouvrage
Valérie Leclère, Tilmann Weber, Philippe Jacques, Maude Pupin. Bioinformatics Tools for the Discovery of New Nonribosomal Peptides
Bradley S. Evans. Nonribosomal Peptide and Polyketide Biosynthesis, 1401, Humana Press, pp.209-232, 2016, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3373-0 978-1-4939-3375-4. ⟨10.1007/978-1-4939-3375-4_14⟩