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	hal-00623404v1 Article dans une revue Mathieu Giraud, Jean-Stéphane Varré. Parallel Position Weight Matrices Algorithms Parallel Computing, Elsevier, 2011, 37, pp.466-478. ⟨10.1016/j.parco.2010.10.001⟩
	inria-00623390v1 Communication dans un congrès Mathieu Giraud, Stéphane Janot, Jean-Frédéric Berthelot, Charles Deltel, Laetitia Jourdan et al. Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria
	tel-00401991v2 Thèse Arnaud Fontaine. Classification d'ARN codants et d'ARN non-codants Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français
	lirmm-00757979v1 Article dans une revue Nicolas Philippe, Mikael Salson, Thérèse Commes, Eric Rivals. A combinatorial and integrated method to analyse RNA-seq reads EMBnet.journal, EMBnet, 2011, 17 (Supplement B), pp.1. ⟨10.14806/ej.17.B.290⟩
	hal-00563408v1 Chapitre d'ouvrage Jean-Stéphane Varré, Bertil Schmidt, Stéphane Janot, Mathieu Giraud. Manycore high-performance computing in bioinformatics Laura Elnitski, Helen Piontkivska, Lonnie R Welch. Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery, World Scientific, chapter 8, 2011
	hal-02435116v1 Communication dans un congrès Pierre Morisse, Camille Marchet, Antoine Limasset, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre. CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment Recomb-Seq 2019 - 9th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, May 2019, Washinton, United States. pp.1-9, ⟨10.1101/546630⟩
	hal-02167175v1 Article dans une revue Pierre Marijon, Rayan Chikhi, Jean-Stéphane Varré. Graph analysis of fragmented long-read bacterial genome assemblies Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, ⟨10.1093/bioinformatics/btz219⟩
	hal-02407243v1 Article dans une revue Antoine Limasset, Jean-François Flot, Pierre Peterlongo. Toward perfect reads: self-correction of short reads via mapping on de Bruijn graphs Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, ⟨10.1093/bioinformatics/btz102⟩
	tel-00833144v1 Thèse Aude Darracq. Évolution des génomes mitochondriaux de plantes : approche de génomique comparative chez Zea mays et Beta vulgaris Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2010. Français
	hal-01937890v1 Article dans une revue Maude Pupin, Areski Flissi, Philippe Jacques, Valérie Leclère. Bioinformatics tools for the discovery of new lipopeptides with biocontrol applications European Journal of Plant Pathology, Springer Verlag, 2018, ⟨10.1007/s10658-018-1544-2⟩
	hal-01575755v1 Article dans une revue Léa Siegwald, Hélène Touzet, yves Lemoine, David Hot, Christophe Audebert et al. Assessment of Common and Emerging Bioinformatics Pipelines for Targeted Metagenomics PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, 12 (1), pp.e0169563. ⟨10.1371/journal.pone.0169563⟩
	hal-01395704v1 Article dans une revue Rayan Chikhi, Antoine Limasset, Paul Medvedev. Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (12), pp.i201 - i208. ⟨10.1093/bioinformatics/btw279⟩
	tel-01577763v1 HDR Mathieu Giraud. Compter les globules blancs, analyser les partitions Informatique [cs]. Université de Lille 1 – Sciences et Technologies, 2016
	tel-00918918v1 HDR Maude Pupin. Modèles bio-informatiques pour les peptides non-ribosomiques et leurs synthétases Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2013
	hal-01100152v1 Communication dans un congrès Nathalie Grardel, Mikaël Salson, Aurélie Caillault, Marc Duez, Céline Villenet et al. Diagnostic et suivi des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) par séquençage haut-débit (HTS) Congrès de la Société Française d'Hématologie (SFH), 2014, Paris, France
	hal-01279160v1 Article dans une revue yann Ferret, Aurélie Caillault, Shéhérazade Sebda, Marc Duez, Nathalie Grardel et al. Multi-loci diagnosis of acute lymphoblastic leukaemia with high-throughput sequencing and bioinformatics analysis British Journal of Haematology, Wiley, 2016, 173 (3), pp.413-420. ⟨10.1111/bjh.13981⟩
	hal-03107529v2 Article dans une revue Asma S. Khelifa, Cecilia Guillen Sanchez, Kevin M. Lesage, Ludovic Huot, Thomas Mouveaux et al. TgAP2IX-5 is a key transcriptional regulator of the asexual cell cycle division in Toxoplasma gondii Nature Communications, Nature Publishing Group, 2021, 12, pp.116. ⟨10.1038/s41467-020-20216-x⟩
	hal-03081813v1 Article dans une revue Ammar Abdo, Eissa Ghaleb, Naser Alajmi, Maude Pupin. Monomer structure fingerprints: an extension of the monomer composition version for peptide databases Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2020, 34 (11), pp.1147-1156. ⟨10.1007/s10822-020-00336-8⟩
	hal-00823594v1 Article dans une revue Arnaud Fontaine, Antoine de Monte, Hélène Touzet. MAGNOLIA: multiple alignment of protein-coding and structural RNA sequences. Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2008, 36 (Web Server issue), pp.W14-8. ⟨10.1093/nar/gkn321⟩
	hal-02394395v1 Article dans une revue Leandro Lima, Camille Marchet, Ségolène Caboche, Corinne da Silva, Benjamin Istace et al. Comparative assessment of long-read error correction software applied to Nanopore RNA-sequencing data Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, pp.1-18. ⟨10.1093/bib/bbz058⟩
	hal-01390478v1 Article dans une revue Tobias Marschall, Manja Marz, Thomas Abeel, Louis Dijkstra, Bas E. Dutilh et al. Computational pan-genomics: status, promises and challenges Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2018, 19 (1), pp.118-135. ⟨10.1093/bib/bbw089⟩
	hal-01228130v1 Article dans une revue Azadeh Saffarian, Mathieu Giraud, Hélène Touzet. Modeling alternate RNA structures in genomic sequences. Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2015, 22 (3), pp.190-204
	hal-01396410v1 Article dans une revue Samuel Blanquart, Jean-Stéphane Varré, Paul Guertin, Amandine Perrin, Anne Bergeron et al. Assisted transcriptome reconstruction and splicing orthology BMC Genomics, BioMed Central, 2016, Proceedings of the 14th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Comparative Genomics Satellite Workshop: genomics, 17 (Suppl 10), pp.786. ⟨10.1186/s12864-016-3103-6⟩
	hal-01574630v1 Communication dans un congrès Chadi Saad, Laurent Noé, Hugues Richard, Julie Leclerc, Marie-Pierre Buisine et al. DiNAMO: Exact method for degenerate IUPAC motifs discovery, characterization of sequence-specific errors JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
	hal-01083841v1 Communication dans un congrès Amandine Perrin, Jean-Stéphane Varré, Samuel Blanquart, Aïda Ouangraoua. ProCARs: Progressive Reconstruction of Ancestral Gene Orders ISCB-Latin America, Oct 2014, Belo Horizonte, Brazil
	hal-01646297v1 Article dans une revue Pierre Pericard, yoann Dufresne, Loïc Couderc, Samuel Blanquart, Hélène Touzet. MATAM: reconstruction of phylogenetic marker genes from short sequencing reads in metagenomes Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, ⟨10.1093/bioinformatics/btx644⟩
	hal-00647725v1 Article dans une revue Julien Allali, Cédric Saule, Cedric Chauve, yves d'Aubenton-Carafa, Alain Denise et al. BRASERO: A resource for benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms Advances in Bioinformatics, Hindawi Publishing Corporation, 2012, 2012, pp.1-5. ⟨10.1155/2012/893048⟩
	hal-00823601v1 Article dans une revue Arnaud Fontaine, Hélène Touzet. Computational identification of protein-coding sequences by comparative analysis International Journal of Data Mining and Bioinformatics, Inderscience, 2009, 3 (2), pp.160-76. ⟨10.1504/ijdmb.2009.024849⟩
	inria-00281012v1 Article dans une revue Ségolène Caboche, Maude Pupin, Valérie Leclère, Arnaud Fontaine, Philippe Jacques et al. NORINE: a database of nonribosomal peptides. Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2008, Database issue, 36 (Database issue), pp.D326-31. ⟨10.1093/nar/gkm792⟩
	hal-01090611v1 Article dans une revue Ammar Abdo, Valérie Leclère, Philippe Jacques, Naomie Salim, Maude Pupin. Prediction of New Bioactive Molecules using a Bayesian Belief Network Journal of Chemical Information and Modeling, American Chemical Society, 2014, 54 (1), pp.30-36. ⟨10.1021/ci4004909⟩
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