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hal-00623404v1  Article dans une revue
Mathieu GiraudJean-Stéphane Varré. Parallel Position Weight Matrices Algorithms
Parallel Computing, Elsevier, 2011, 37, pp.466-478. ⟨10.1016/j.parco.2010.10.001⟩
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inria-00623390v1  Communication dans un congrès
Mathieu GiraudStéphane JanotJean-Frédéric BerthelotCharles DeltelLaetitia Jourdan et al.  Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics
Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria
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tel-00401991v2  Thèse
Arnaud Fontaine. Classification d'ARN codants et d'ARN non-codants
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français
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hal-00563408v1  Chapitre d'ouvrage
Jean-Stéphane VarréBertil SchmidtStéphane JanotMathieu Giraud. Manycore high-performance computing in bioinformatics
Laura Elnitski, Helen Piontkivska, Lonnie R Welch. Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery, World Scientific, chapter 8, 2011
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hal-02435116v1  Communication dans un congrès
Pierre MorisseCamille MarchetAntoine LimassetThierry LecroqArnaud Lefebvre. CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment
Recomb-Seq 2019 - 9th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, May 2019, Washinton, United States. pp.1-9, ⟨10.1101/546630⟩
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tel-00833144v1  Thèse
Aude Darracq. Évolution des génomes mitochondriaux de plantes : approche de génomique comparative chez Zea mays et Beta vulgaris
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2010. Français
hal-01395704v1  Article dans une revue
Rayan ChikhiAntoine LimassetPaul Medvedev. Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (12), pp.i201 - i208. ⟨10.1093/bioinformatics/btw279⟩
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tel-01577763v1  HDR
Mathieu Giraud. Compter les globules blancs, analyser les partitions
Informatique [cs]. Université de Lille 1 – Sciences et Technologies, 2016
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tel-00918918v1  HDR
Maude Pupin. Modèles bio-informatiques pour les peptides non-ribosomiques et leurs synthétases
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2013
hal-01100152v1  Communication dans un congrès
Nathalie GrardelMikaël SalsonAurélie CaillaultMarc DuezCéline Villenet et al.  Diagnostic et suivi des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) par séquençage haut-débit (HTS)
Congrès de la Société Française d'Hématologie (SFH), 2014, Paris, France
hal-03081813v1  Article dans une revue
Ammar AbdoEissa GhalebNaser AlajmiMaude Pupin. Monomer structure fingerprints: an extension of the monomer composition version for peptide databases
Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2020, 34 (11), pp.1147-1156. ⟨10.1007/s10822-020-00336-8⟩
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hal-00823594v1  Article dans une revue
Arnaud FontaineAntoine de MonteHélène Touzet. MAGNOLIA: multiple alignment of protein-coding and structural RNA sequences.
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2008, 36 (Web Server issue), pp.W14-8. ⟨10.1093/nar/gkn321⟩
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hal-01390478v1  Article dans une revue
Tobias MarschallManja MarzThomas AbeelLouis DijkstraBas E. Dutilh et al.  Computational pan-genomics: status, promises and challenges
Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2018, 19 (1), pp.118-135. ⟨10.1093/bib/bbw089⟩
hal-01228130v1  Article dans une revue
Azadeh SaffarianMathieu GiraudHélène Touzet. Modeling alternate RNA structures in genomic sequences.
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2015, 22 (3), pp.190-204
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hal-01396410v1  Article dans une revue
Samuel BlanquartJean-Stéphane VarréPaul GuertinAmandine PerrinAnne Bergeron et al.  Assisted transcriptome reconstruction and splicing orthology
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, Proceedings of the 14th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Comparative Genomics Satellite Workshop: genomics, 17 (Suppl 10), pp.786. ⟨10.1186/s12864-016-3103-6⟩
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hal-01574630v1  Communication dans un congrès
Chadi SaadLaurent NoéHugues RichardJulie LeclercMarie-Pierre Buisine et al.  DiNAMO: Exact method for degenerate IUPAC motifs discovery, characterization of sequence-specific errors
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
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hal-01083841v1  Communication dans un congrès
Amandine PerrinJean-Stéphane VarréSamuel BlanquartAïda Ouangraoua. ProCARs: Progressive Reconstruction of Ancestral Gene Orders
ISCB-Latin America, Oct 2014, Belo Horizonte, Brazil
hal-00823601v1  Article dans une revue
Arnaud FontaineHélène Touzet. Computational identification of protein-coding sequences by comparative analysis
International Journal of Data Mining and Bioinformatics, Inderscience, 2009, 3 (2), pp.160-76. ⟨10.1504/ijdmb.2009.024849⟩
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inria-00281012v1  Article dans une revue
Ségolène CabocheMaude PupinValérie LeclèreArnaud FontainePhilippe Jacques et al.  NORINE: a database of nonribosomal peptides.
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2008, Database issue, 36 (Database issue), pp.D326-31. ⟨10.1093/nar/gkm792⟩
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hal-01090611v1  Article dans une revue
Ammar AbdoValérie LeclèrePhilippe JacquesNaomie SalimMaude Pupin. Prediction of New Bioactive Molecules using a Bayesian Belief Network
Journal of Chemical Information and Modeling, American Chemical Society, 2014, 54 (1), pp.30-36. ⟨10.1021/ci4004909⟩