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hal-01083841v1  Communication dans un congrès
Amandine Perrin, Jean-Stéphane Varré, Samuel Blanquart, Aïda Ouangraoua. ProCARs: Progressive Reconstruction of Ancestral Gene Orders
ISCB-Latin America, Oct 2014, Belo Horizonte, Brazil
hal-00823601v1  Article dans une revue
Arnaud Fontaine, Hélène Touzet. Computational identification of protein-coding sequences by comparative analysis
International Journal of Data Mining and Bioinformatics, Inderscience, 2009, 3 (2), pp.160-76. ⟨10.1504/ijdmb.2009.024849⟩
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inria-00623390v1  Communication dans un congrès
Mathieu Giraud, Stéphane Janot, Jean-Frédéric Berthelot, Charles Deltel, Laetitia Jourdan et al.  Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics
Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria
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hal-00823594v1  Article dans une revue
Arnaud Fontaine, Antoine de Monte, Hélène Touzet. MAGNOLIA: multiple alignment of protein-coding and structural RNA sequences.
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2008, 36 (Web Server issue), pp.W14-8. ⟨10.1093/nar/gkn321⟩
hal-01100152v1  Communication dans un congrès
Nathalie Grardel, Mikaël Salson, Aurélie Caillault, Marc Duez, Céline Villenet et al.  Diagnostic et suivi des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) par séquençage haut-débit (HTS)
Congrès de la Société Française d'Hématologie (SFH), 2014, Paris, France
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hal-01083204v1  Article dans une revue
Laurent Noé, Donald E. K. Martin. A Coverage Criterion for Spaced Seeds and Its Applications to Support Vector Machine String Kernels and $k$-Mer Distances
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2014, 21 (12), pp.28. ⟨10.1089/cmb.2014.0173⟩
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hal-02394395v1  Article dans une revue
Leandro Lima, Camille Marchet, Ségolène Caboche, Corinne da Silva, Benjamin Istace et al.  Comparative assessment of long-read error correction software applied to Nanopore RNA-sequencing data
Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, pp.1-18. ⟨10.1093/bib/bbz058⟩
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hal-01090611v1  Article dans une revue
Ammar Abdo, Valérie Leclère, Philippe Jacques, Naomie Salim, Maude Pupin. Prediction of New Bioactive Molecules using a Bayesian Belief Network
Journal of Chemical Information and Modeling, American Chemical Society, 2014, 54 (1), pp.30-36. ⟨10.1021/ci4004909⟩
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hal-01575755v1  Article dans une revue
Léa Siegwald, Hélène Touzet, Yves Lemoine, David Hot, Christophe Audebert et al.  Assessment of Common and Emerging Bioinformatics Pipelines for Targeted Metagenomics
PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, 12 (1), pp.e0169563. ⟨10.1371/journal.pone.0169563⟩
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hal-01646297v1  Article dans une revue
Pierre Pericard, Yoann Dufresne, Loïc Couderc, Samuel Blanquart, Hélène Touzet. MATAM: reconstruction of phylogenetic marker genes from short sequencing reads in metagenomes
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, ⟨10.1093/bioinformatics/btx644⟩
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hal-02435116v1  Communication dans un congrès
Pierre Morisse, Camille Marchet, Antoine Limasset, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre. CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment
Recomb-Seq 2019 - 9th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, May 2019, Washinton, United States. pp.1-9, ⟨10.1101/546630⟩
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hal-01279160v1  Article dans une revue
Yann Ferret, Aurélie Caillault, Shéhérazade Sebda, Marc Duez, Nathalie Grardel et al.  Multi-loci diagnosis of acute lymphoblastic leukaemia with high-throughput sequencing and bioinformatics analysis
British Journal of Haematology, Wiley, 2016, 173 (3), pp.413-420. ⟨10.1111/bjh.13981⟩
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hal-00804915v1  Rapport
Antoine Rousseau, Aurélie Darnaud, Brice Goglin, Céline Acharian, Christine Leininger et al.  Médiation Scientifique : une facette de nos métiers de la recherche
[Interne] Inria. 2013, pp.34
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hal-03107529v2  Article dans une revue
Asma S. Khelifa, Cecilia Guillen Sanchez, Kevin M. Lesage, Ludovic Huot, Thomas Mouveaux et al.  TgAP2IX-5 is a key transcriptional regulator of the asexual cell cycle division in Toxoplasma gondii
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2021, 12, pp.116. ⟨10.1038/s41467-020-20216-x⟩
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hal-01396410v1  Article dans une revue
Samuel Blanquart, Jean-Stéphane Varré, Paul Guertin, Amandine Perrin, Anne Bergeron et al.  Assisted transcriptome reconstruction and splicing orthology
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, Proceedings of the 14th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Comparative Genomics Satellite Workshop: genomics, 17 (Suppl 10), pp.786. ⟨10.1186/s12864-016-3103-6⟩
hal-01395704v1  Article dans une revue
Rayan Chikhi, Antoine Limasset, Paul Medvedev. Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (12), pp.i201 - i208. ⟨10.1093/bioinformatics/btw279⟩
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hal-01728770v1  Article dans une revue
Jérôme Audoux, Nicolas Philippe, Rayan Chikhi, Mikael Salson, Mélina Gallopin et al.  DE-kupl: exhaustive capture of biological variation in RNA-seq data through k-mer decomposition
Genome Biology, BioMed Central, 2017, 18 (1), pp.1-15. ⟨10.1186/s13059-017-1372-2⟩
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inria-00484642v1  Communication dans un congrès
Laurent Noé, Marta L. Gîrdea, Gregory Kucherov. Seed design framework for mapping SOLiD reads
RECOMB, Aug 2010, Lisbon, Portugal. pp.384-396, ⟨10.1007/978-3-642-12683-3_25⟩
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hal-00750002v1  Article dans une revue
Ammar Hasan Abdo, Ségolène Caboche, Valérie Leclère, Philippe Jacques, Maude Pupin. A new fingerprint to predict nonribosomal peptides activity.
Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2012, 26 (10), pp.1187-94. ⟨10.1007/s10822-012-9608-4⟩
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hal-00748990v1  Article dans une revue
Evguenia Kopylova, Laurent Noé, Héléne Touzet. SortMeRNA: Fast and accurate filtering of ribosomal RNAs in metatranscriptomic data.
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2012, 28 (24), pp.3211-3217. ⟨10.1093/bioinformatics/bts611⟩
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hal-00749019v1  Communication dans un congrès
Antoine Thomas, Aïda Ouangraoua, Jean-Stéphane Varré. Tandem Halving Problems by DCJ
Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. pp.417-429, ⟨10.1007/978-3-642-33122-0_33⟩
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hal-00749026v1  Communication dans un congrès
Antoine Thomas, Aïda Ouangraoua, Jean-Stéphane Varré. Genome Halving by Block Interchange
BIOINFORMATICS, Feb 2012, Lisboa, Portugal. pp.58-65
hal-01228138v1  Direction d'ouvrage, Proceedings, Dossier
Hélène Touzet. Algorithms for bioinformatics
Mihai Pop; Hélène Touzet. WABI, Sep 2015, Atlanta, United States. Springer Verlag, 2015, 15th International Workshop, WABI 2015, Atlanta, GA, USA, September 10-12, 2015, Proceedings, ⟨10.1007/978-3-662-48221-6⟩
hal-01398960v1  Chapitre d'ouvrage
Valérie Leclère, Tilmann Weber, Philippe Jacques, Maude Pupin. Bioinformatics Tools for the Discovery of New Nonribosomal Peptides
Bradley S. Evans. Nonribosomal Peptide and Polyketide Biosynthesis, 1401, Humana Press, pp.209-232, 2016, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3373-0 978-1-4939-3375-4. ⟨10.1007/978-1-4939-3375-4_14⟩
hal-01935562v1  Communication dans un congrès
Rayan Chikhi, Vladan Jovičić, Stefan Kratsch, Paul Medvedev, Martin Milanic et al.  Bipartite Graphs of Small Readability
COCOON 2018 - The 24th International Computing and Combinatorics Conference, Jul 2018, Qingdao, China
hal-01153893v1  Communication dans un congrès
Tuan Tu Tran, Mathieu Giraud, Jean-Stéphane Varré. Perfect Hashing Structures for Parallel Similarity Searches
International Workshop on High Performance Computational Biology (HiCOMB 2015) / International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS 2015), 2015, Hyderabad, India. pp.332-341, ⟨10.1109/IPDPSW.2015.105⟩