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hal-01083841v1  Communication dans un congrès
Amandine PerrinJean-Stéphane VarréSamuel BlanquartAïda Ouangraoua. ProCARs: Progressive Reconstruction of Ancestral Gene Orders
ISCB-Latin America, Oct 2014, Belo Horizonte, Brazil
hal-00823601v1  Article dans une revue
Arnaud FontaineHélène Touzet. Computational identification of protein-coding sequences by comparative analysis
International Journal of Data Mining and Bioinformatics, Inderscience, 2009, 3 (2), pp.160-76. ⟨10.1504/ijdmb.2009.024849⟩
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inria-00623390v1  Communication dans un congrès
Mathieu GiraudStéphane JanotJean-Frédéric BerthelotCharles DeltelLaetitia Jourdan et al.  Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics
Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria
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hal-00823594v1  Article dans une revue
Arnaud FontaineAntoine de MonteHélène Touzet. MAGNOLIA: multiple alignment of protein-coding and structural RNA sequences.
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2008, 36 (Web Server issue), pp.W14-8. ⟨10.1093/nar/gkn321⟩
hal-01100152v1  Communication dans un congrès
Nathalie GrardelMikaël SalsonAurélie CaillaultMarc DuezCéline Villenet et al.  Diagnostic et suivi des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) par séquençage haut-débit (HTS)
Congrès de la Société Française d'Hématologie (SFH), 2014, Paris, France
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hal-01090611v1  Article dans une revue
Ammar AbdoValérie LeclèrePhilippe JacquesNaomie SalimMaude Pupin. Prediction of New Bioactive Molecules using a Bayesian Belief Network
Journal of Chemical Information and Modeling, American Chemical Society, 2014, 54 (1), pp.30-36. ⟨10.1021/ci4004909⟩
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hal-02435116v1  Communication dans un congrès
Pierre MorisseCamille MarchetAntoine LimassetThierry LecroqArnaud Lefebvre. CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment
Recomb-Seq 2019 - 9th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, May 2019, Washinton, United States. pp.1-9, ⟨10.1101/546630⟩
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hal-01396410v1  Article dans une revue
Samuel BlanquartJean-Stéphane VarréPaul GuertinAmandine PerrinAnne Bergeron et al.  Assisted transcriptome reconstruction and splicing orthology
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, Proceedings of the 14th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Comparative Genomics Satellite Workshop: genomics, 17 (Suppl 10), pp.786. ⟨10.1186/s12864-016-3103-6⟩
hal-01395704v1  Article dans une revue
Rayan ChikhiAntoine LimassetPaul Medvedev. Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (12), pp.i201 - i208. ⟨10.1093/bioinformatics/btw279⟩
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hal-00750002v1  Article dans une revue
Ammar Hasan AbdoSégolène CabocheValérie LeclèrePhilippe JacquesMaude Pupin. A new fingerprint to predict nonribosomal peptides activity.
Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2012, 26 (10), pp.1187-94. ⟨10.1007/s10822-012-9608-4⟩
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hal-00749019v1  Communication dans un congrès
Antoine ThomasAïda OuangraouaJean-Stéphane Varré. Tandem Halving Problems by DCJ
Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. pp.417-429, ⟨10.1007/978-3-642-33122-0_33⟩
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hal-00749026v1  Communication dans un congrès
Antoine ThomasAïda OuangraouaJean-Stéphane Varré. Genome Halving by Block Interchange
BIOINFORMATICS, Feb 2012, Lisboa, Portugal. pp.58-65
hal-01228138v1  Direction d'ouvrage, Proceedings, Dossier
Hélène Touzet. Algorithms for bioinformatics
Mihai Pop; Hélène Touzet. WABI, Sep 2015, Atlanta, United States. Springer Verlag, 2015, 15th International Workshop, WABI 2015, Atlanta, GA, USA, September 10-12, 2015, Proceedings, ⟨10.1007/978-3-662-48221-6⟩
hal-01398960v1  Chapitre d'ouvrage
Valérie LeclèreTilmann WeberPhilippe JacquesMaude Pupin. Bioinformatics Tools for the Discovery of New Nonribosomal Peptides
Bradley S. Evans. Nonribosomal Peptide and Polyketide Biosynthesis, 1401, Humana Press, pp.209-232, 2016, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3373-0 978-1-4939-3375-4. ⟨10.1007/978-1-4939-3375-4_14⟩
hal-01935562v1  Communication dans un congrès
Rayan ChikhiVladan JovičićStefan KratschPaul MedvedevMartin Milanic et al.  Bipartite Graphs of Small Readability
COCOON 2018 - The 24th International Computing and Combinatorics Conference, Jul 2018, Qingdao, China
hal-01153893v1  Communication dans un congrès
Tuan Tu TranMathieu GiraudJean-Stéphane Varré. Perfect Hashing Structures for Parallel Similarity Searches
International Workshop on High Performance Computational Biology (HiCOMB 2015) / International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS 2015), 2015, Hyderabad, India. pp.332-341, ⟨10.1109/IPDPSW.2015.105⟩