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hal-02435116v1  Communication dans un congrès
Pierre MorisseCamille MarchetAntoine LimassetThierry LecroqArnaud Lefebvre. CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment
Recomb-Seq 2019 - 9th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, May 2019, Washinton, United States. pp.1-9, ⟨10.1101/546630⟩
hal-03443183v1  Article dans une revue
Antoine LimassetCamille MarchetMael Kerbiriou. BLight: efficient exact associative structure for k-mers
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2021, 37 (18), pp.2858-2865. ⟨10.1093/bioinformatics/btab217⟩
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hal-01396410v1  Article dans une revue
Samuel BlanquartJean-Stéphane VarréPaul GuertinAmandine PerrinAnne Bergeron et al.  Assisted transcriptome reconstruction and splicing orthology
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, Proceedings of the 14th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Comparative Genomics Satellite Workshop: genomics, 17 (Suppl 10), pp.786. ⟨10.1186/s12864-016-3103-6⟩
hal-01395704v1  Article dans une revue
Rayan ChikhiAntoine LimassetPaul Medvedev. Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (12), pp.i201 - i208. ⟨10.1093/bioinformatics/btw279⟩
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hal-01552490v1  Communication dans un congrès
Tatiana RocherMaude PupinPhilippe MarquetYann Secq. How to make teenage girls love coding ?
womENcourage2017 - 4th ACM Europe Celebration of Women in Computing, ACM, Sep 2017, Barcelona, Spain
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tel-01576433v1  Thèse
Christophe Vroland. Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Lille 1 Sciences et technologies, 2016. Français
hal-02417587v1  Article dans une revue
Mickael ChevalierEmma RicartEmeline HanozinMaude PupinPhilippe Jacques et al.  Kendrick Mass Defect Approach Combined to NORINE Database for Molecular Formula Assignment of Nonribosomal Peptides
Journal of The American Society for Mass Spectrometry, American Chemical Society 2019, 30 (12), pp.2608-2616. ⟨10.1007/s13361-019-02314-3⟩
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tel-02441360v1  Thèse
Pierre Marijon. Novel components at the periphery of long read genome assembly tools
Computer Science [cs]. University of Lille, 2019. English
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tel-01758361v1  Thèse
Tatiana Rocher. Compression et indexation de séquences annotées
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lille, 2018. Français
hal-03461046v1  Article dans une revue
Maude PupinAmmar Abdo. LINGO-DL: a text-based approach for molecular similarity searching
Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2021, 35 (5), pp.657-665. ⟨10.1007/s10822-021-00383-9⟩
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hal-01889117v1  Poster
Yoann DufresneJuraj MichalikAreski FlissiValérie LeclèreMaude Pupin. Data updates on Norine, the reference Non-Ribosomal Peptide knowledge base
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
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hal-01576319v1  Communication dans un congrès
Tatiana RocherMathieu GiraudMikael Salson. Indexer un ensemble de séquences ADN annotées
JOBIM, Jun 2016, Lyon, France
hal-03368750v1  Ouvrage (y compris édition critique et traduction)
Thierry LecroqHélène Touzet. String Processing and Information Retrieval
Springer International Publishing, 12944, 2021, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-030-86692-1⟩
hal-01516289v1  Article dans une revue
Anton W LangerakMonika BrüggemannFrédéric DaviNikos DarzentasJacques J M van Dongen et al.  High-Throughput Immunogenetics for Clinical and Research Applications in Immunohematology: Potential and Challenges.
Journal of Immunology, Publisher : Baltimore : Williams & Wilkins, c1950-. Latest Publisher : Bethesda, MD : American Association of Immunologists, 2017, pp.1602050. ⟨10.4049/jimmunol.1602050⟩