Accéder directement au contenu Accéder directement à la navigation

Recherche par documents
...
hal-02167880v1  Article dans une revue
Florence Maurier, Delphine Beury, Léa Fléchon, Jean-Stéphane Varré, Hélène Touzet et al.  A complete protocol for whole-genome sequencing of virus from clinical samples: Application to coronavirus OC43
Virology, Elsevier, 2019, 531, pp.141-148. ⟨10.1016/j.virol.2019.03.006⟩
...
hal-01360485v1  Article dans une revue
Christophe Vroland, Mikael Salson, Sébastien Bini, Hélène Touzet. Approximate search of short patterns with high error rates using the 01⁎0 lossless seeds
Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2016, 37, pp.3-16. ⟨10.1016/j.jda.2016.03.002⟩
...
tel-01576433v1  Thèse
Christophe Vroland. Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Lille 1 Sciences et technologies, 2016. Français
...
hal-01633525v1  Article dans une revue
Alexander Sczyrba, Peter Hofmann, Peter Belmann, David Koslicki, Stefan Janssen et al.  Critical Assessment of Metagenome Interpretation – a benchmark of computational metagenomics software
Nature Methods, Nature Publishing Group, 2017, 14 (11), pp.1063 - 1071. ⟨10.1038/nmeth.4458⟩
...
hal-01398944v1  Article dans une revue
Qassim Esmaeel, Maude Pupin, Nam Phuong Kieu, Gabrielle Chataigné, Max Béchet et al.  Burkholderia genome mining for nonribosomal peptide synthetases reveals a great potential for novel siderophores and lipopeptides synthesis
MicrobiologyOpen, Wiley, 2016, 5 (3), pp.512 - 526. ⟨10.1002/mbo3.347⟩
...
hal-01009173v1  Article dans une revue
Mathieu Giraud, Mikaël Salson, Marc Duez, Céline Villenet, Sabine Quief et al.  Fast multiclonal clusterization of V(D)J recombinations from high-throughput sequencing
BMC Genomics, BioMed Central, 2014, 15 (1), pp.409. ⟨10.1186/1471-2164-15-409⟩
hal-01935568v1  Communication dans un congrès
Anna Kuosmanen, Topi Paavilainen, Travis Gagie, Rayan Chikhi, Alexandru Ioan Tomescu et al.  Using Minimum Path Cover to Boost Dynamic Programming on DAGs: Co-Linear Chaining Extended
RECOMB 2018 - 22nd Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, Apr 2018, Paris, France
...
hal-01889117v1  Poster
yoann Dufresne, Juraj Michalik, Areski Flissi, Valérie Leclère, Maude Pupin. Data updates on Norine, the reference Non-Ribosomal Peptide knowledge base
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
...
tel-02441360v1  Thèse
Pierre Marijon. Novel components at the periphery of long read genome assembly tools
Computer Science [cs]. University of Lille, 2019. English
...
tel-01758361v1  Thèse
Tatiana Rocher. Compression et indexation de séquences annotées
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lille, 2018. Français
...
hal-01552487v1  Communication dans un congrès
Maude Pupin, Philippe Marquet, yann Secq. How to make teenage girls love coding using Python and the visual arts orienting language Processing ?
PyParis2017, Systematic Paris Region, Jun 2017, Paris, La Défense, France
...
hal-03170023v1  Rapport
Samuel Alizon, Frédéric Cazals, Stéphane Guindon, Claire Lemaitre, Tristan Mary-Huard et al.  SARS-CoV-2 Through the Lens of Computational Biology: How bioinformatics is playing a key role in the study of the virus and its origins
[Research Report] CNRS. 2021, pp.1-35
...
hal-01255499v2  Article dans une revue
Alice Héliou, Martine Léonard, Laurent Mouchard, Mikael Salson. Efficient dynamic range minimum query
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2016, 656, pp.108-117. ⟨10.1016/j.tcs.2016.07.002⟩
hal-03461046v1  Article dans une revue
Maude Pupin, Ammar Abdo. LINGO-DL: a text-based approach for molecular similarity searching
Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2021, 35 (5), pp.657-665. ⟨10.1007/s10822-021-00383-9⟩
...
hal-02265367v1  Article dans une revue
Isabelle Guigon, Sylvain Legrand, Jean-Frédéric Berthelot, Sébastien Bini, Delphine Lanselle et al.  miRkwood: a tool for the reliable identification of microRNAs in plant genomes
BMC Genomics, BioMed Central, 2019, 20 (1), ⟨10.1186/s12864-019-5913-9⟩
hal-02417587v1  Article dans une revue
Mickael Chevalier, Emma Ricart, Emeline Hanozin, Maude Pupin, Philippe Jacques et al.  Kendrick Mass Defect Approach Combined to NORINE Database for Molecular Formula Assignment of Nonribosomal Peptides
Journal of The American Society for Mass Spectrometry, American Chemical Society 2019, 30 (12), pp.2608-2616. ⟨10.1007/s13361-019-02314-3⟩
...
hal-02167433v1  Article dans une revue
Emma Ricart, Valérie Leclère, Areski Flissi, Markus Mueller, Maude Pupin et al.  rBAN: retro-biosynthetic analysis of nonribosomal peptides
Journal of Cheminformatics, Chemistry Central Ltd. and BioMed Central, 2019, 11 (1), pp.1-14. ⟨10.1186/s13321-019-0335-x⟩
...
hal-01552490v1  Communication dans un congrès
Tatiana Rocher, Maude Pupin, Philippe Marquet, yann Secq. How to make teenage girls love coding ?
womENcourage2017 - 4th ACM Europe Celebration of Women in Computing, ACM, Sep 2017, Barcelona, Spain
hal-01350176v1  Article dans une revue
Mathieu Giraud, Mikaël Salson. Les séquenceurs à haut débit
Interstices, INRIA, 2011
...
hal-01574629v1  Communication dans un congrès
Pierre Pericard, yoann Dufresne, Samuel Blanquart, Hélène Touzet. Reconstruction of full-length 16S rRNA sequences for taxonomic assignment in metagenomics
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
...
hal-02435116v1  Communication dans un congrès
Pierre Morisse, Camille Marchet, Antoine Limasset, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre. CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment
Recomb-Seq 2019 - 9th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, May 2019, Washinton, United States. pp.1-9, ⟨10.1101/546630⟩
...
hal-02407243v1  Article dans une revue
Antoine Limasset, Jean-François Flot, Pierre Peterlongo. Toward perfect reads: self-correction of short reads via mapping on de Bruijn graphs
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, ⟨10.1093/bioinformatics/btz102⟩
...
tel-01577763v1  HDR
Mathieu Giraud. Compter les globules blancs, analyser les partitions
Informatique [cs]. Université de Lille 1 – Sciences et Technologies, 2016
...
hal-01575755v1  Article dans une revue
Léa Siegwald, Hélène Touzet, yves Lemoine, David Hot, Christophe Audebert et al.  Assessment of Common and Emerging Bioinformatics Pipelines for Targeted Metagenomics
PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, 12 (1), pp.e0169563. ⟨10.1371/journal.pone.0169563⟩