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hal-01104015v1  Chapitre d'ouvrage
Evguenia KopylovaLaurent NoéCorinne da SilvaJean-Frédéric BerthelotAdriana A. Alberti et al.  Deciphering metatranscriptomic data
Methods in Molecular Biology, 1269, Springer, pp.279-291, 2015, RNA Bioinformatics, 978-1-4939-2290-1. ⟨10.1007/978-1-4939-2291-8_17⟩
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hal-02146404v1  Communication dans un congrès
Enrico PetrucciLaurent NoéCinzia PizziMatteo Comin. Iterative Spaced Seed Hashing: Closing the Gap Between Spaced Seed Hashing and k-mer Hashing
15th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA), Jun 2019, Barcelona, Spain. pp.208-219, ⟨10.1007/978-3-030-20242-2_18⟩
hal-01396904v1  Article dans une revue
Kristoffer SahlinRayan ChikhiLars Arvestad. Assembly scaffolding with PE-contaminated mate-pair libraries
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (13), pp.1925 - 1932. ⟨10.1093/bioinformatics/btw064⟩
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hal-01574824v1  Poster
Pierre MarijonJean-Stéphane VarréRayan Chikhi. Debugging long-read genome and metagenome assemblies using string graph analysis
JOBIM 2017- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
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hal-01753402v1  Communication dans un congrès
Philippe MarquetMaude Pupinyann Secq. L codent, L créent: créations numériques artistiques pour démystifier l'informatique... au féminin! (descriptif d’atelier)
Didapro 7 – DidaSTIC. De 0 à 1 ou l’heure de l’informatique à l’école, Feb 2018, Lausanne, Suisse. pp.1-2
hal-01516289v1  Article dans une revue
Anton W LangerakMonika BrüggemannFrédéric DaviNikos DarzentasJacques J M van Dongen et al.  High-Throughput Immunogenetics for Clinical and Research Applications in Immunohematology: Potential and Challenges.
Journal of Immunology, Publisher : Baltimore : Williams & Wilkins, c1950-. Latest Publisher : Bethesda, MD : American Association of Immunologists, 2017, pp.1602050. ⟨10.4049/jimmunol.1602050⟩
hal-03368750v1  Ouvrage (y compris édition critique et traduction)
Thierry LecroqHélène Touzet. String Processing and Information Retrieval
Springer International Publishing, 12944, 2021, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-030-86692-1⟩
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hal-01575350v1  Communication dans un congrès
Chen SunRobert S. HarrisRayan ChikhiPaul Medvedev. AllSome Sequence Bloom Trees
RECOMB 2017 - 21st Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, May 2017, Hong Kong, China. ⟨10.1007/978-3-319-56970-3_17⟩
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hal-03406292v1  Article dans une revue
Paul SimionJitendra NarayanAntoine HoutainAlessandro DerzelleLyam Baudry et al.  Chromosome-level genome assembly reveals homologous chromosomes and recombination in asexual rotifer Adineta vaga
Science Advances , American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2021, 7 (41), pp.eabg4216. ⟨10.1126/sciadv.abg4216⟩
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hal-01576319v1  Communication dans un congrès
Tatiana RocherMathieu GiraudMikael Salson. Indexer un ensemble de séquences ADN annotées
JOBIM, Jun 2016, Lyon, France
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hal-01566246v1  Communication dans un congrès
Antoine LimassetGuillaume RizkRayan ChikhiPierre Peterlongo. Fast and scalable minimal perfect hashing for massive key sets
16th International Symposium on Experimental Algorithms, Jun 2017, London, United Kingdom. pp.1 - 11
hal-01237045v1  Article dans une revue
Donald E. K. MartinLaurent Noé. Faster exact distributions of pattern statistics through sequential elimination of states
Annals of the Institute of Statistical Mathematics, Springer Verlag, 2017, 69 (1), pp.231--248. ⟨10.1007/s10463-015-0540-y⟩
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hal-01743104v1  Article dans une revue
Tatiana RocherMathieu GiraudMikaël Salson. Indexing labeled sequences
PeerJ Computer Science, PeerJ, 2018, 4, pp.1-14. ⟨10.7717/peerj-cs.148⟩
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hal-01500115v1  Communication dans un congrès
Juraj MichálikHélène Touzetyann Ponty. Efficient approximations of RNA kinetics landscape using non-redundant sampling
ISMB/ECCB - 25th Annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology/16th European Conference on Computational Biology - 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. pp.i283 - i292, ⟨10.1093/bioinformatics/btx269⟩