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tel-01576433v1  Thèse
Christophe Vroland. Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Lille 1 Sciences et technologies, 2016. Français
hal-01935568v1  Communication dans un congrès
Anna KuosmanenTopi PaavilainenTravis GagieRayan ChikhiAlexandru Ioan Tomescu et al.  Using Minimum Path Cover to Boost Dynamic Programming on DAGs: Co-Linear Chaining Extended
RECOMB 2018 - 22nd Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, Apr 2018, Paris, France
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hal-01889117v1  Poster
yoann DufresneJuraj MichalikAreski FlissiValérie LeclèreMaude Pupin. Data updates on Norine, the reference Non-Ribosomal Peptide knowledge base
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
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tel-02441360v1  Thèse
Pierre Marijon. Novel components at the periphery of long read genome assembly tools
Computer Science [cs]. University of Lille, 2019. English
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tel-01758361v1  Thèse
Tatiana Rocher. Compression et indexation de séquences annotées
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lille, 2018. Français
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hal-01552487v1  Communication dans un congrès
Maude PupinPhilippe Marquetyann Secq. How to make teenage girls love coding using Python and the visual arts orienting language Processing ?
PyParis2017, Systematic Paris Region, Jun 2017, Paris, La Défense, France
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hal-01255499v2  Article dans une revue
Alice HéliouMartine LéonardLaurent MouchardMikael Salson. Efficient dynamic range minimum query
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2016, 656, pp.108-117. ⟨10.1016/j.tcs.2016.07.002⟩
hal-02417587v1  Article dans une revue
Mickael ChevalierEmma RicartEmeline HanozinMaude PupinPhilippe Jacques et al.  Kendrick Mass Defect Approach Combined to NORINE Database for Molecular Formula Assignment of Nonribosomal Peptides
Journal of The American Society for Mass Spectrometry, American Chemical Society 2019, 30 (12), pp.2608-2616. ⟨10.1007/s13361-019-02314-3⟩
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hal-02167433v1  Article dans une revue
Emma RicartValérie LeclèreAreski FlissiMarkus MuellerMaude Pupin et al.  rBAN: retro-biosynthetic analysis of nonribosomal peptides
Journal of Cheminformatics, Chemistry Central Ltd. and BioMed Central, 2019, 11 (1), pp.1-14. ⟨10.1186/s13321-019-0335-x⟩
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hal-01552490v1  Communication dans un congrès
Tatiana RocherMaude PupinPhilippe Marquetyann Secq. How to make teenage girls love coding ?
womENcourage2017 - 4th ACM Europe Celebration of Women in Computing, ACM, Sep 2017, Barcelona, Spain
hal-01350176v1  Article dans une revue
Mathieu GiraudMikaël Salson. Les séquenceurs à haut débit
Interstices, INRIA, 2011
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hal-01574629v1  Communication dans un congrès
Pierre Pericardyoann DufresneSamuel BlanquartHélène Touzet. Reconstruction of full-length 16S rRNA sequences for taxonomic assignment in metagenomics
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
hal-01935562v1  Communication dans un congrès
Rayan ChikhiVladan JovičićStefan KratschPaul MedvedevMartin Milanic et al.  Bipartite Graphs of Small Readability
COCOON 2018 - The 24th International Computing and Combinatorics Conference, Jul 2018, Qingdao, China
hal-01398960v1  Chapitre d'ouvrage
Valérie LeclèreTilmann WeberPhilippe JacquesMaude Pupin. Bioinformatics Tools for the Discovery of New Nonribosomal Peptides
Bradley S. Evans. Nonribosomal Peptide and Polyketide Biosynthesis, 1401, Humana Press, pp.209-232, 2016, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3373-0 978-1-4939-3375-4. ⟨10.1007/978-1-4939-3375-4_14⟩
hal-01153893v1  Communication dans un congrès
Tuan Tu TranMathieu GiraudJean-Stéphane Varré. Perfect Hashing Structures for Parallel Similarity Searches
International Workshop on High Performance Computational Biology (HiCOMB 2015) / International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS 2015), 2015, Hyderabad, India. pp.332-341, ⟨10.1109/IPDPSW.2015.105⟩
hal-01228138v1  Direction d'ouvrage, Proceedings, Dossier
Hélène Touzet. Algorithms for bioinformatics
Mihai Pop; Hélène Touzet. WABI, Sep 2015, Atlanta, United States. Springer Verlag, 2015, 15th International Workshop, WABI 2015, Atlanta, GA, USA, September 10-12, 2015, Proceedings, ⟨10.1007/978-3-662-48221-6⟩
hal-01104015v1  Chapitre d'ouvrage
Evguenia KopylovaLaurent NoéCorinne da SilvaJean-Frédéric BerthelotAdriana A. Alberti et al.  Deciphering metatranscriptomic data
Methods in Molecular Biology, 1269, Springer, pp.279-291, 2015, RNA Bioinformatics, 978-1-4939-2290-1. ⟨10.1007/978-1-4939-2291-8_17⟩
hal-01237045v1  Article dans une revue
Donald E. K. MartinLaurent Noé. Faster exact distributions of pattern statistics through sequential elimination of states
Annals of the Institute of Statistical Mathematics, Springer Verlag, 2017, 69 (1), pp.231--248. ⟨10.1007/s10463-015-0540-y⟩