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tel-02441360v1  Thèse
Pierre Marijon. Novel components at the periphery of long read genome assembly tools
Computer Science [cs]. University of Lille, 2019. English
hal-02417587v1  Article dans une revue
Mickael Chevalier, Emma Ricart, Emeline Hanozin, Maude Pupin, Philippe Jacques et al.  Kendrick Mass Defect Approach Combined to NORINE Database for Molecular Formula Assignment of Nonribosomal Peptides
Journal of The American Society for Mass Spectrometry, American Chemical Society 2019, 30 (12), pp.2608-2616. ⟨10.1007/s13361-019-02314-3⟩
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hal-02167433v1  Article dans une revue
Emma Ricart, Valérie Leclère, Areski Flissi, Markus Mueller, Maude Pupin et al.  rBAN: retro-biosynthetic analysis of nonribosomal peptides
Journal of Cheminformatics, Chemistry Central Ltd. and BioMed Central, 2019, 11 (1), pp.1-14. ⟨10.1186/s13321-019-0335-x⟩
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hal-01889117v1  Poster
yoann Dufresne, Juraj Michalik, Areski Flissi, Valérie Leclère, Maude Pupin. Data updates on Norine, the reference Non-Ribosomal Peptide knowledge base
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
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tel-01576433v1  Thèse
Christophe Vroland. Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Lille 1 Sciences et technologies, 2016. Français
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hal-01552490v1  Communication dans un congrès
Tatiana Rocher, Maude Pupin, Philippe Marquet, yann Secq. How to make teenage girls love coding ?
womENcourage2017 - 4th ACM Europe Celebration of Women in Computing, ACM, Sep 2017, Barcelona, Spain
hal-01350176v1  Article dans une revue
Mathieu Giraud, Mikaël Salson. Les séquenceurs à haut débit
Interstices, INRIA, 2011
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hal-01360485v1  Article dans une revue
Christophe Vroland, Mikael Salson, Sébastien Bini, Hélène Touzet. Approximate search of short patterns with high error rates using the 01⁎0 lossless seeds
Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2016, 37, pp.3-16. ⟨10.1016/j.jda.2016.03.002⟩
hal-01935568v1  Communication dans un congrès
Anna Kuosmanen, Topi Paavilainen, Travis Gagie, Rayan Chikhi, Alexandru Ioan Tomescu et al.  Using Minimum Path Cover to Boost Dynamic Programming on DAGs: Co-Linear Chaining Extended
RECOMB 2018 - 22nd Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, Apr 2018, Paris, France
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hal-01633525v1  Article dans une revue
Alexander Sczyrba, Peter Hofmann, Peter Belmann, David Koslicki, Stefan Janssen et al.  Critical Assessment of Metagenome Interpretation – a benchmark of computational metagenomics software
Nature Methods, Nature Publishing Group, 2017, 14 (11), pp.1063 - 1071. ⟨10.1038/nmeth.4458⟩
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hal-01398944v1  Article dans une revue
Qassim Esmaeel, Maude Pupin, Nam Phuong Kieu, Gabrielle Chataigné, Max Béchet et al.  Burkholderia genome mining for nonribosomal peptide synthetases reveals a great potential for novel siderophores and lipopeptides synthesis
MicrobiologyOpen, Wiley, 2016, 5 (3), pp.512 - 526. ⟨10.1002/mbo3.347⟩
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hal-01552487v1  Communication dans un congrès
Maude Pupin, Philippe Marquet, yann Secq. How to make teenage girls love coding using Python and the visual arts orienting language Processing ?
PyParis2017, Systematic Paris Region, Jun 2017, Paris, La Défense, France
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tel-01758361v1  Thèse
Tatiana Rocher. Compression et indexation de séquences annotées
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lille, 2018. Français
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hal-01574629v1  Communication dans un congrès
Pierre Pericard, yoann Dufresne, Samuel Blanquart, Hélène Touzet. Reconstruction of full-length 16S rRNA sequences for taxonomic assignment in metagenomics
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
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hal-01255499v2  Article dans une revue
Alice Héliou, Martine Léonard, Laurent Mouchard, Mikael Salson. Efficient dynamic range minimum query
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2016, 656, pp.108-117. ⟨10.1016/j.tcs.2016.07.002⟩
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hal-01404817v1  Article dans une revue
Mikael Salson, Mathieu Giraud, Aurélie Caillault, Nathalie Grardel, Nicolas Duployez et al.  High-throughput sequencing in acute lymphoblastic leukemia: Follow-up of minimal residual disease and emergence of new clones
Leukemia Research, Elsevier, 2017, 53, pp.1-7. ⟨10.1016/j.leukres.2016.11.009⟩
hal-01104015v1  Chapitre d'ouvrage
Evguenia Kopylova, Laurent Noé, Corinne da Silva, Jean-Frédéric Berthelot, Adriana A. Alberti et al.  Deciphering metatranscriptomic data
Methods in Molecular Biology, 1269, Springer, pp.279-291, 2015, RNA Bioinformatics, 978-1-4939-2290-1. ⟨10.1007/978-1-4939-2291-8_17⟩
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hal-02267357v1  Poster
Nicolas Guillaudeux, Catherine Belleannée, Samuel Blanquart, Jean-Stéphane Varré. Predicting isoform transcripts: What does the comparison of known transcripts in human, mouse and dog tell us?
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. 8, pp.1, 2019, ⟨10.7490/f1000research.1117311.1⟩
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hal-01250619v1  Article dans une revue
yoann Dufresne, Laurent Noé, Valérie Leclère, Maude Pupin. Smiles2Monomers: a link between chemical and biological structures for polymers
Journal of Cheminformatics, Chemistry Central Ltd. and BioMed Central, 2015, 7, ⟨10.1186/s13321-015-0111-5⟩
hal-01396904v1  Article dans une revue
Kristoffer Sahlin, Rayan Chikhi, Lars Arvestad. Assembly scaffolding with PE-contaminated mate-pair libraries
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (13), pp.1925 - 1932. ⟨10.1093/bioinformatics/btw064⟩
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hal-01574824v1  Poster
Pierre Marijon, Jean-Stéphane Varré, Rayan Chikhi. Debugging long-read genome and metagenome assemblies using string graph analysis
JOBIM 2017- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
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hal-01753402v1  Communication dans un congrès
Philippe Marquet, Maude Pupin, yann Secq. L codent, L créent: créations numériques artistiques pour démystifier l'informatique... au féminin! (descriptif d’atelier)
Didapro 7 – DidaSTIC. De 0 à 1 ou l’heure de l’informatique à l’école, Feb 2018, Lausanne, Suisse. pp.1-2
hal-01516289v1  Article dans une revue
Anton W Langerak, Monika Brüggemann, Frédéric Davi, Nikos Darzentas, Jacques J M van Dongen et al.  High-Throughput Immunogenetics for Clinical and Research Applications in Immunohematology: Potential and Challenges.
Journal of Immunology, Publisher : Baltimore : Williams & Wilkins, c1950-. Latest Publisher : Bethesda, MD : American Association of Immunologists, 2017, pp.1602050. ⟨10.4049/jimmunol.1602050⟩
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hal-01575350v1  Communication dans un congrès
Chen Sun, Robert S. Harris, Rayan Chikhi, Paul Medvedev. AllSome Sequence Bloom Trees
RECOMB 2017 - 21st Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, May 2017, Hong Kong, China. ⟨10.1007/978-3-319-56970-3_17⟩
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hal-01217311v1  Article dans une revue
Amandine Perrin, Jean-Stéphane Varré, Samuel Blanquart, Aïda Ouangraoua. ProCARs: Progressive Reconstruction of Ancestral Gene Orders
BMC Genomics, BioMed Central, 2015, 16 (Suppl 5), pp.S6. ⟨10.1186/1471-2164-16-S5-S6⟩
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hal-01576319v1  Communication dans un congrès
Tatiana Rocher, Mathieu Giraud, Mikael Salson. Indexer un ensemble de séquences ADN annotées
JOBIM, Jun 2016, Lyon, France