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hal-01728770v1  Article dans une revue
Jérôme Audoux, Nicolas Philippe, Rayan Chikhi, Mikael Salson, Mélina Gallopin et al.  DE-kupl: exhaustive capture of biological variation in RNA-seq data through k-mer decomposition
Genome Biology, BioMed Central, 2017, 18 (1), pp.1-15. ⟨10.1186/s13059-017-1372-2⟩
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hal-01279160v1  Article dans une revue
Yann Ferret, Aurélie Caillault, Shéhérazade Sebda, Marc Duez, Nathalie Grardel et al.  Multi-loci diagnosis of acute lymphoblastic leukaemia with high-throughput sequencing and bioinformatics analysis
British Journal of Haematology, Wiley, 2016, 173 (3), pp.413-420. ⟨10.1111/bjh.13981⟩
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hal-01575755v1  Article dans une revue
Léa Siegwald, Hélène Touzet, Yves Lemoine, David Hot, Christophe Audebert et al.  Assessment of Common and Emerging Bioinformatics Pipelines for Targeted Metagenomics
PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, 12 (1), pp.e0169563. ⟨10.1371/journal.pone.0169563⟩
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hal-01646297v1  Article dans une revue
Pierre Pericard, Yoann Dufresne, Loïc Couderc, Samuel Blanquart, Hélène Touzet. MATAM: reconstruction of phylogenetic marker genes from short sequencing reads in metagenomes
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, ⟨10.1093/bioinformatics/btx644⟩
hal-01395704v1  Article dans une revue
Rayan Chikhi, Antoine Limasset, Paul Medvedev. Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (12), pp.i201 - i208. ⟨10.1093/bioinformatics/btw279⟩
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hal-01396410v1  Article dans une revue
Samuel Blanquart, Jean-Stéphane Varré, Paul Guertin, Amandine Perrin, Anne Bergeron et al.  Assisted transcriptome reconstruction and splicing orthology
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, Proceedings of the 14th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Comparative Genomics Satellite Workshop: genomics, 17 (Suppl 10), pp.786. ⟨10.1186/s12864-016-3103-6⟩
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hal-02394395v1  Article dans une revue
Leandro Lima, Camille Marchet, Ségolène Caboche, Corinne da Silva, Benjamin Istace et al.  Comparative assessment of long-read error correction software applied to Nanopore RNA-sequencing data
Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, pp.1-18. ⟨10.1093/bib/bbz058⟩
hal-01228138v1  Direction d'ouvrage, Proceedings, Dossier
Hélène Touzet. Algorithms for bioinformatics
Mihai Pop; Hélène Touzet. WABI, Sep 2015, Atlanta, United States. Springer Verlag, 2015, 15th International Workshop, WABI 2015, Atlanta, GA, USA, September 10-12, 2015, Proceedings, ⟨10.1007/978-3-662-48221-6⟩
hal-01398960v1  Chapitre d'ouvrage
Valérie Leclère, Tilmann Weber, Philippe Jacques, Maude Pupin. Bioinformatics Tools for the Discovery of New Nonribosomal Peptides
Bradley S. Evans. Nonribosomal Peptide and Polyketide Biosynthesis, 1401, Humana Press, pp.209-232, 2016, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3373-0 978-1-4939-3375-4. ⟨10.1007/978-1-4939-3375-4_14⟩
hal-01935562v1  Communication dans un congrès
Rayan Chikhi, Vladan Jovičić, Stefan Kratsch, Paul Medvedev, Martin Milanic et al.  Bipartite Graphs of Small Readability
COCOON 2018 - The 24th International Computing and Combinatorics Conference, Jul 2018, Qingdao, China
hal-01153893v1  Communication dans un congrès
Tuan Tu Tran, Mathieu Giraud, Jean-Stéphane Varré. Perfect Hashing Structures for Parallel Similarity Searches
International Workshop on High Performance Computational Biology (HiCOMB 2015) / International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS 2015), 2015, Hyderabad, India. pp.332-341, ⟨10.1109/IPDPSW.2015.105⟩
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hal-01250614v1  Article dans une revue
Maude Pupin, Qassim Esmaeel, Areski Flissi, Yoann Dufresne, Philippe Jacques et al.  Norine: a powerful resource for novel nonribosomal peptide discovery
Synthetic and Systems Biotechnology, KeAi, 2015, ⟨10.1016/j.synbio.2015.11.001⟩
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hal-01576319v1  Communication dans un congrès
Tatiana Rocher, Mathieu Giraud, Mikael Salson. Indexer un ensemble de séquences ADN annotées
JOBIM, Jun 2016, Lyon, France
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tel-01738687v2  Thèse
Pierre Pericard. Algorithmes pour la reconstruction de séquences de marqueurs conservés dans des données de métagénomique
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lille, 2017. Français. ⟨NNT : 2017LIL10084⟩
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hal-01250619v1  Article dans une revue
Yoann Dufresne, Laurent Noé, Valérie Leclère, Maude Pupin. Smiles2Monomers: a link between chemical and biological structures for polymers
Journal of Cheminformatics, Chemistry Central Ltd. and BioMed Central, 2015, 7, ⟨10.1186/s13321-015-0111-5⟩
hal-01516289v1  Article dans une revue
Anton W Langerak, Monika Brüggemann, Frédéric Davi, Nikos Darzentas, Jacques J M van Dongen et al.  High-Throughput Immunogenetics for Clinical and Research Applications in Immunohematology: Potential and Challenges.
Journal of Immunology, Publisher : Baltimore : Williams & Wilkins, c1950-. Latest Publisher : Bethesda, MD : American Association of Immunologists, 2017, pp.1602050. ⟨10.4049/jimmunol.1602050⟩
hal-01237045v1  Article dans une revue
Donald E. K. Martin, Laurent Noé. Faster exact distributions of pattern statistics through sequential elimination of states
Annals of the Institute of Statistical Mathematics, Springer Verlag, 2017, 69 (1), pp.231--248. ⟨10.1007/s10463-015-0540-y⟩
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hal-01574824v1  Poster
Pierre Marijon, Jean-Stéphane Varré, Rayan Chikhi. Debugging long-read genome and metagenome assemblies using string graph analysis
JOBIM 2017- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
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hal-01566246v1  Communication dans un congrès
Antoine Limasset, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo. Fast and scalable minimal perfect hashing for massive key sets
16th International Symposium on Experimental Algorithms, Jun 2017, London, United Kingdom. pp.1 - 11
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hal-02267357v1  Poster
Nicolas Guillaudeux, Catherine Belleannée, Samuel Blanquart, Jean-Stéphane Varré. Predicting isoform transcripts: What does the comparison of known transcripts in human, mouse and dog tell us?
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. 8, pp.1, 2019, ⟨10.7490/f1000research.1117311.1⟩
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hal-01935559v1  Article dans une revue
Alan Kuhnle, Victoria G. Crawford, Christina Boucher, Rayan Chikhi, Travis Gagie. Practical dynamic de Bruijn graphs
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2018, ⟨10.1093/bioinformatics/bty500⟩
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hal-01743104v1  Article dans une revue
Tatiana Rocher, Mathieu Giraud, Mikaël Salson. Indexing labeled sequences
PeerJ Computer Science, PeerJ, 2018, 4, pp.1-14. ⟨10.7717/peerj-cs.148⟩
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hal-01500115v1  Communication dans un congrès
Juraj Michálik, Hélène Touzet, Yann Ponty. Efficient approximations of RNA kinetics landscape using non-redundant sampling
ISMB/ECCB - 25th Annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology/16th European Conference on Computational Biology - 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. pp.i283 - i292, ⟨10.1093/bioinformatics/btx269⟩