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tel-02441360v1  Thèse
Pierre Marijon. Novel components at the periphery of long read genome assembly tools
Computer Science [cs]. University of Lille, 2019. English
hal-02417587v1  Article dans une revue
Mickael ChevalierEmma RicartEmeline HanozinMaude PupinPhilippe Jacques et al.  Kendrick Mass Defect Approach Combined to NORINE Database for Molecular Formula Assignment of Nonribosomal Peptides
Journal of The American Society for Mass Spectrometry, American Chemical Society 2019, 30 (12), pp.2608-2616. ⟨10.1007/s13361-019-02314-3⟩
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hal-02167433v1  Article dans une revue
Emma RicartValérie LeclèreAreski FlissiMarkus MuellerMaude Pupin et al.  rBAN: retro-biosynthetic analysis of nonribosomal peptides
Journal of Cheminformatics, Chemistry Central Ltd. and BioMed Central, 2019, 11 (1), pp.1-14. ⟨10.1186/s13321-019-0335-x⟩
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hal-01889117v1  Poster
yoann DufresneJuraj MichalikAreski FlissiValérie LeclèreMaude Pupin. Data updates on Norine, the reference Non-Ribosomal Peptide knowledge base
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
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tel-01576433v1  Thèse
Christophe Vroland. Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Lille 1 Sciences et technologies, 2016. Français
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hal-01552490v1  Communication dans un congrès
Tatiana RocherMaude PupinPhilippe Marquetyann Secq. How to make teenage girls love coding ?
womENcourage2017 - 4th ACM Europe Celebration of Women in Computing, ACM, Sep 2017, Barcelona, Spain
hal-01350176v1  Article dans une revue
Mathieu GiraudMikaël Salson. Les séquenceurs à haut débit
Interstices, INRIA, 2011
hal-01935568v1  Communication dans un congrès
Anna KuosmanenTopi PaavilainenTravis GagieRayan ChikhiAlexandru Ioan Tomescu et al.  Using Minimum Path Cover to Boost Dynamic Programming on DAGs: Co-Linear Chaining Extended
RECOMB 2018 - 22nd Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, Apr 2018, Paris, France
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hal-01552487v1  Communication dans un congrès
Maude PupinPhilippe Marquetyann Secq. How to make teenage girls love coding using Python and the visual arts orienting language Processing ?
PyParis2017, Systematic Paris Region, Jun 2017, Paris, La Défense, France
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tel-01758361v1  Thèse
Tatiana Rocher. Compression et indexation de séquences annotées
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lille, 2018. Français
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hal-01574629v1  Communication dans un congrès
Pierre Pericardyoann DufresneSamuel BlanquartHélène Touzet. Reconstruction of full-length 16S rRNA sequences for taxonomic assignment in metagenomics
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
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hal-01255499v2  Article dans une revue
Alice HéliouMartine LéonardLaurent MouchardMikael Salson. Efficient dynamic range minimum query
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2016, 656, pp.108-117. ⟨10.1016/j.tcs.2016.07.002⟩
hal-01104015v1  Chapitre d'ouvrage
Evguenia KopylovaLaurent NoéCorinne da SilvaJean-Frédéric BerthelotAdriana A. Alberti et al.  Deciphering metatranscriptomic data
Methods in Molecular Biology, 1269, Springer, pp.279-291, 2015, RNA Bioinformatics, 978-1-4939-2290-1. ⟨10.1007/978-1-4939-2291-8_17⟩
hal-01396904v1  Article dans une revue
Kristoffer SahlinRayan ChikhiLars Arvestad. Assembly scaffolding with PE-contaminated mate-pair libraries
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (13), pp.1925 - 1932. ⟨10.1093/bioinformatics/btw064⟩
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hal-01574824v1  Poster
Pierre MarijonJean-Stéphane VarréRayan Chikhi. Debugging long-read genome and metagenome assemblies using string graph analysis
JOBIM 2017- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
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hal-01753402v1  Communication dans un congrès
Philippe MarquetMaude Pupinyann Secq. L codent, L créent: créations numériques artistiques pour démystifier l'informatique... au féminin! (descriptif d’atelier)
Didapro 7 – DidaSTIC. De 0 à 1 ou l’heure de l’informatique à l’école, Feb 2018, Lausanne, Suisse. pp.1-2
hal-01516289v1  Article dans une revue
Anton W LangerakMonika BrüggemannFrédéric DaviNikos DarzentasJacques J M van Dongen et al.  High-Throughput Immunogenetics for Clinical and Research Applications in Immunohematology: Potential and Challenges.
Journal of Immunology, Publisher : Baltimore : Williams & Wilkins, c1950-. Latest Publisher : Bethesda, MD : American Association of Immunologists, 2017, pp.1602050. ⟨10.4049/jimmunol.1602050⟩
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hal-01575350v1  Communication dans un congrès
Chen SunRobert S. HarrisRayan ChikhiPaul Medvedev. AllSome Sequence Bloom Trees
RECOMB 2017 - 21st Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, May 2017, Hong Kong, China. ⟨10.1007/978-3-319-56970-3_17⟩
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hal-01576319v1  Communication dans un congrès
Tatiana RocherMathieu GiraudMikael Salson. Indexer un ensemble de séquences ADN annotées
JOBIM, Jun 2016, Lyon, France