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tel-01067114v1  Thèse
Antoine Thomas. Rearrangement problems with duplicated genomic markers
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2014. English
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hal-00843827v1  Communication dans un congrès
Yoann DufresneValérie LeclèrePhilippe JacquesLaurent NoéMaude Pupin. Non Ribosomal Peptides : A monomeric puzzle
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. pp.143-150
inria-00635003v1  Article dans une revue
Antoine ThomasJean-Stéphane VarréOuangraoua Aïda. Genome Dedoubling by DCJ and Reversal
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2011, 12 (Supplement 9), ⟨10.1186/1471-2105-12-S9-S20⟩
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tel-00823447v1  Thèse
Ségolène Caboche. Mise en place d'une plate-forme logicielle pour l'analyse des peptides non-ribosomiaux
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français
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hal-01552490v1  Communication dans un congrès
Tatiana RocherMaude PupinPhilippe MarquetYann Secq. How to make teenage girls love coding ?
womENcourage2017 - 4th ACM Europe Celebration of Women in Computing, ACM, Sep 2017, Barcelona, Spain
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tel-01576433v1  Thèse
Christophe Vroland. Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Lille 1 Sciences et technologies, 2016. Français
hal-02417587v1  Article dans une revue
Mickael ChevalierEmma RicartEmeline HanozinMaude PupinPhilippe Jacques et al.  Kendrick Mass Defect Approach Combined to NORINE Database for Molecular Formula Assignment of Nonribosomal Peptides
Journal of The American Society for Mass Spectrometry, American Chemical Society 2019, 30 (12), pp.2608-2616. ⟨10.1007/s13361-019-02314-3⟩
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tel-02441360v1  Thèse
Pierre Marijon. Novel components at the periphery of long read genome assembly tools
Computer Science [cs]. University of Lille, 2019. English
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tel-01758361v1  Thèse
Tatiana Rocher. Compression et indexation de séquences annotées
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lille, 2018. Français
hal-03461046v1  Article dans une revue
Maude PupinAmmar Abdo. LINGO-DL: a text-based approach for molecular similarity searching
Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2021, 35 (5), pp.657-665. ⟨10.1007/s10822-021-00383-9⟩
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hal-01889117v1  Poster
Yoann DufresneJuraj MichalikAreski FlissiValérie LeclèreMaude Pupin. Data updates on Norine, the reference Non-Ribosomal Peptide knowledge base
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
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hal-01083841v1  Communication dans un congrès
Amandine PerrinJean-Stéphane VarréSamuel BlanquartAïda Ouangraoua. ProCARs: Progressive Reconstruction of Ancestral Gene Orders
ISCB-Latin America, Oct 2014, Belo Horizonte, Brazil
hal-00823601v1  Article dans une revue
Arnaud FontaineHélène Touzet. Computational identification of protein-coding sequences by comparative analysis
International Journal of Data Mining and Bioinformatics, Inderscience, 2009, 3 (2), pp.160-76. ⟨10.1504/ijdmb.2009.024849⟩
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inria-00623390v1  Communication dans un congrès
Mathieu GiraudStéphane JanotJean-Frédéric BerthelotCharles DeltelLaetitia Jourdan et al.  Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics
Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria
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hal-00823594v1  Article dans une revue
Arnaud FontaineAntoine de MonteHélène Touzet. MAGNOLIA: multiple alignment of protein-coding and structural RNA sequences.
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2008, 36 (Web Server issue), pp.W14-8. ⟨10.1093/nar/gkn321⟩
hal-01100152v1  Communication dans un congrès
Nathalie GrardelMikaël SalsonAurélie CaillaultMarc DuezCéline Villenet et al.  Diagnostic et suivi des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) par séquençage haut-débit (HTS)
Congrès de la Société Française d'Hématologie (SFH), 2014, Paris, France