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hal-00623404v1  Article dans une revue
Mathieu Giraud, Jean-Stéphane Varré. Parallel Position Weight Matrices Algorithms
Parallel Computing, Elsevier, 2011, 37, pp.466-478. ⟨10.1016/j.parco.2010.10.001⟩
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inria-00623390v1  Communication dans un congrès
Mathieu Giraud, Stéphane Janot, Jean-Frédéric Berthelot, Charles Deltel, Laetitia Jourdan et al.  Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics
Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria
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hal-00563408v1  Chapitre d'ouvrage
Jean-Stéphane Varré, Bertil Schmidt, Stéphane Janot, Mathieu Giraud. Manycore high-performance computing in bioinformatics
Laura Elnitski, Helen Piontkivska, Lonnie R Welch. Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery, World Scientific, chapter 8, 2011
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tel-00833144v1  Thèse
Aude Darracq. Évolution des génomes mitochondriaux de plantes : approche de génomique comparative chez Zea mays et Beta vulgaris
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2010. Français
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tel-01577763v1  HDR
Mathieu Giraud. Compter les globules blancs, analyser les partitions
Informatique [cs]. Université de Lille 1 – Sciences et Technologies, 2016
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tel-00918918v1  HDR
Maude Pupin. Modèles bio-informatiques pour les peptides non-ribosomiques et leurs synthétases
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2013
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hal-01575755v1  Article dans une revue
Léa Siegwald, Hélène Touzet, yves Lemoine, David Hot, Christophe Audebert et al.  Assessment of Common and Emerging Bioinformatics Pipelines for Targeted Metagenomics
PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, 12 (1), pp.e0169563. ⟨10.1371/journal.pone.0169563⟩
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tel-00401991v2  Thèse
Arnaud Fontaine. Classification d'ARN codants et d'ARN non-codants
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français
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lirmm-00757979v1  Article dans une revue
Nicolas Philippe, Mikael Salson, Thérèse Commes, Eric Rivals. A combinatorial and integrated method to analyse RNA-seq reads
EMBnet.journal, EMBnet, 2011, 17 (Supplement B), pp.1. ⟨10.14806/ej.17.B.290⟩
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hal-01396410v1  Article dans une revue
Samuel Blanquart, Jean-Stéphane Varré, Paul Guertin, Amandine Perrin, Anne Bergeron et al.  Assisted transcriptome reconstruction and splicing orthology
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, Proceedings of the 14th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Comparative Genomics Satellite Workshop: genomics, 17 (Suppl 10), pp.786. ⟨10.1186/s12864-016-3103-6⟩
hal-01395704v1  Article dans une revue
Rayan Chikhi, Antoine Limasset, Paul Medvedev. Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (12), pp.i201 - i208. ⟨10.1093/bioinformatics/btw279⟩
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hal-01390478v1  Article dans une revue
Tobias Marschall, Manja Marz, Thomas Abeel, Louis Dijkstra, Bas E. Dutilh et al.  Computational pan-genomics: status, promises and challenges
Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2018, 19 (1), pp.118-135. ⟨10.1093/bib/bbw089⟩
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hal-03107529v2  Article dans une revue
Asma S. Khelifa, Cecilia Guillen Sanchez, Kevin M. Lesage, Ludovic Huot, Thomas Mouveaux et al.  TgAP2IX-5 is a key transcriptional regulator of the asexual cell cycle division in Toxoplasma gondii
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2021, 12, pp.116. ⟨10.1038/s41467-020-20216-x⟩
hal-03081813v1  Article dans une revue
Ammar Abdo, Eissa Ghaleb, Naser Alajmi, Maude Pupin. Monomer structure fingerprints: an extension of the monomer composition version for peptide databases
Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2020, 34 (11), pp.1147-1156. ⟨10.1007/s10822-020-00336-8⟩
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hal-00823594v1  Article dans une revue
Arnaud Fontaine, Antoine de Monte, Hélène Touzet. MAGNOLIA: multiple alignment of protein-coding and structural RNA sequences.
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2008, 36 (Web Server issue), pp.W14-8. ⟨10.1093/nar/gkn321⟩
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hal-02394395v1  Article dans une revue
Leandro Lima, Camille Marchet, Ségolène Caboche, Corinne da Silva, Benjamin Istace et al.  Comparative assessment of long-read error correction software applied to Nanopore RNA-sequencing data
Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, pp.1-18. ⟨10.1093/bib/bbz058⟩
hal-01228130v1  Article dans une revue
Azadeh Saffarian, Mathieu Giraud, Hélène Touzet. Modeling alternate RNA structures in genomic sequences.
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2015, 22 (3), pp.190-204
hal-01100152v1  Communication dans un congrès
Nathalie Grardel, Mikaël Salson, Aurélie Caillault, Marc Duez, Céline Villenet et al.  Diagnostic et suivi des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) par séquençage haut-débit (HTS)
Congrès de la Société Française d'Hématologie (SFH), 2014, Paris, France
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hal-01279160v1  Article dans une revue
yann Ferret, Aurélie Caillault, Shéhérazade Sebda, Marc Duez, Nathalie Grardel et al.  Multi-loci diagnosis of acute lymphoblastic leukaemia with high-throughput sequencing and bioinformatics analysis
British Journal of Haematology, Wiley, 2016, 173 (3), pp.413-420. ⟨10.1111/bjh.13981⟩
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hal-01574630v1  Communication dans un congrès
Chadi Saad, Laurent Noé, Hugues Richard, Julie Leclerc, Marie-Pierre Buisine et al.  DiNAMO: Exact method for degenerate IUPAC motifs discovery, characterization of sequence-specific errors
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
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hal-01083841v1  Communication dans un congrès
Amandine Perrin, Jean-Stéphane Varré, Samuel Blanquart, Aïda Ouangraoua. ProCARs: Progressive Reconstruction of Ancestral Gene Orders
ISCB-Latin America, Oct 2014, Belo Horizonte, Brazil
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hal-01646297v1  Article dans une revue
Pierre Pericard, yoann Dufresne, Loïc Couderc, Samuel Blanquart, Hélène Touzet. MATAM: reconstruction of phylogenetic marker genes from short sequencing reads in metagenomes
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, ⟨10.1093/bioinformatics/btx644⟩
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hal-01083204v1  Article dans une revue
Laurent Noé, Donald E. K. Martin. A Coverage Criterion for Spaced Seeds and Its Applications to Support Vector Machine String Kernels and $k$-Mer Distances
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2014, 21 (12), pp.28. ⟨10.1089/cmb.2014.0173⟩
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hal-01090611v1  Article dans une revue
Ammar Abdo, Valérie Leclère, Philippe Jacques, Naomie Salim, Maude Pupin. Prediction of New Bioactive Molecules using a Bayesian Belief Network
Journal of Chemical Information and Modeling, American Chemical Society, 2014, 54 (1), pp.30-36. ⟨10.1021/ci4004909⟩
hal-00823601v1  Article dans une revue
Arnaud Fontaine, Hélène Touzet. Computational identification of protein-coding sequences by comparative analysis
International Journal of Data Mining and Bioinformatics, Inderscience, 2009, 3 (2), pp.160-76. ⟨10.1504/ijdmb.2009.024849⟩
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hal-01728770v1  Article dans une revue
Jérôme Audoux, Nicolas Philippe, Rayan Chikhi, Mikael Salson, Mélina Gallopin et al.  DE-kupl: exhaustive capture of biological variation in RNA-seq data through k-mer decomposition
Genome Biology, BioMed Central, 2017, 18 (1), pp.1-15. ⟨10.1186/s13059-017-1372-2⟩
hal-01094011v1  Communication dans un congrès
Evguenia Kopylova, Laurent Noé, Pierre Pericard, Mikaël Salson, Hélène Touzet. SortMeRNA 2: ribosomal RNA classification for taxonomic assignation
Workshop on Recent Computational Advances in Metagenomics, ECCB 2014, Sep 2014, Strasbourg, France
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inria-00281012v1  Article dans une revue
Ségolène Caboche, Maude Pupin, Valérie Leclère, Arnaud Fontaine, Philippe Jacques et al.  NORINE: a database of nonribosomal peptides.
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2008, Database issue, 36 (Database issue), pp.D326-31. ⟨10.1093/nar/gkm792⟩